שר הביטחון אהוד ברק שלח מכתב תשובה לחבר הכנסת הרב מאיר פרוש בעניין בית הכנסת "יד יאיר". במכתב נאמר כי "קיימות סכנות ביטחוניות האורבות למתפללים בבית הכנסת "יד יאיר" בחבל בנימין, וקשה לאבטח אותו באופן קבוע ורציף. אי לכך, ממליץ צה"ל להעתיק את מיקום בית הכנסת לתוך גוש טלמונים, ולמנוע בכך סיכון חיי אדם".
את המכתב קיבל פרוש בעקבות בקשתו מהשר ברק לקבלת הסבר לגבי שני אירועי חבלה על רקע לאומני של פורעים פלשתינים, שהתרחשו באזור מערב חבל בנימין. פלשתינים הציתו את בית הכנסת ב"יד יאיר". בפנים נשרפו כליל ספרי קודש: סידורים, חומשים וספרי הלכה. כמו כן, חולל הגלעד לזכרו של יאיר מנדלסון הי"ד. הפלשתינים עקרו אותיות, הרסו מתקן שעשועים לילדים והניחו פרוכת קרועה בכביש הגישה.
בעקבות הצתת בית הכנסת ב"יד יאיר" פנתה הנהלת מועצת יש"ע למח"ט בנימין, אל"מ אמיר אבולעפיה, והביעה בפניו מחאה על כך שהצבא לא השכיל למנוע את ההשחתה החמורה. המח"ט נדרש, כמובן, לסייע מיידית בשיקום בית הכנסת ולפעול להגנת המקום כראוי.
כתבנו מציין כי לפני פחות משנה הוצת כבר בית הכנסת בפעם הראשונה. אז הקימו כחמישים איש מאהל ב"יד יאיר", במחאה על השריפה. גם אז, למבנה השוכן על קרקע פרטית יהודית נגרם נזק רב, וכן נגרם נזק לספרי התורה ולתשמישי הקדושה. שעות ספורות אח"כ פגעו פלשתינים בכרם גפנים נחי-טל באזור דולב שבמערב בנימין. במקום חובלה מערכת ההשקיה, נעקרו גפנים ונגרם נזק רב לרכוש. הפעולה בוצעה בחסות מסיק הזיתים של הערבים שהיה בסמוך. זהו מקרה חוזר של פגיעה בכרם זה, כאשר בעבר נעקרו כבר יותר מחמשת אלפים גפנים ע"י פורעים ערבים.
במכתבו של שר הביטחון מצויין, כי "צה"ל והשב"כ פועלים ללא לאות, על מנת לעצור את האחראים למעשים. עד כה נעצרו כבר עשרות חשודים, ולמותר להוסיף כי צה"ל עושה כל שביכולתו, להגן על המקום לצד מנגנון אבטחת הישובים".
בתגובה אמר הרב פרוש כי יש לשקול מחדש את ההחלטה להסיר עשרות חסימות צה"ל ביו"ש, "גם לשיטת הממשלה היום המגלה נכונות להקל על אבו-מאזן מוכח שהרשות הפלסטינית איננה ערוכה ומסוגלת כלל לקבל אחריות ביטחונית בשטחים".