התחרות בין ראש הממשלה לשר הביטחון בשאלה מי ימנע באופן תקיף יותר את הבנייה היהודית ביו"ש נמשכת. שר הביטחון אהוד ברק הורה להחמיר את הקפאת הבניה ביהודה ושומרון מעבר להנחיית ראש-הממשלה, וקבע כי זו תחול על כל תוכנית ביו"ש ולו הקטנה ביותר, כולל בתים פרטיים. כל תוכנית כזו חייבת אישורו של שר-הביטחון בעצמו.
כך עולה ממכתב ששלח בשבוע שעבר ראש-המטה שלו תא"ל מיכאל הרצוג לכל הגורמים הצבאיים המעורבים בנושא, בהם עוזר שר-הביטחון לענייני התיישבות איתן ברושי, תיאום הפעולות בשטחים, מנכ"ל משרד-הביטחון, היועץ המשפטי של משרד-הביטחון, ועוד.
במכתב מפורט מכט' טבת, ה-7 בינואר, כותב הרצוג כי "בהמשך למכתב זה (של ראש-הממשלה – ח.ה.) מנחה שר הביטחון להקפיד להביא לאישורו, כל גורם בתחום אחריותו: קידום הליכים ואישור תוכניות אזרחיות באיו"ש; צווי תפיסה והפקעת קרקע – הוצאה, פירסום ומימוש בשטח; קידום הליכי סקר והכרזה על אדמות מדינה; אישרור תוכניות בניה שאושרו בעבר וממתינות למימוש בדגש על פירסום לתוקף, שיווק ובניה; ופעילות הממונה על הרכוש הממשלתי הנטוש, כולל חידוש וחתימת חוזים והקצאת קרקע לרשויות מקומיות או לגורמי התיישבות.
"כמו כן מנחה שר הביטחון להקפיד על אכיפת החוק באיו"ש ולנצל במהירות וביעילות את הכלים המשפטיים העומדים לרשות המדינה".
במועצת יש"ע אומרים כי מדובר בהנחיה חמורה יותר מזו של אולמרט. ב-30 בדצמבר שלח ראש הממשלה, אהוד אולמרט, מכתב לשרי הביטחון, הבינוי והשיכון והחקלאות, ובו הנחיה להעביר לאישור שר הביטחון וראש הממשלה כל תכנית להתיישבות יהודית באזור יהודה ושומרון. בהנחיית ראש הממשלה נאמר כי "הקמה, בנייה חדשה, הרחבה, הוצאת מכרז לאיכלוס, הפקעת קרקע, וכיוצא באלה פעולות הנוגעות להתיישבות הישראלית באיזור, לא תקודמנה ולא תבוצענה מבלי שהתבקש וניתן על כך מראש אישור שר הביטחון וראש הממשלה. אישור כאמור יכול שיהיה פרטני או למספר מקרים".
יו"ר מועצת יש"ע, דני דיין, אמר בתגובה כי מדובר בגזירה דרקונית שמקפיאה "הכל מכל כל". "מדובר בהחמרה של גזירות ההקפאה של אולמרט" – אומר דיין – "כי משמעות המכתב היא שכל תוכנית, ואפילו הקטנה ביותר, אפילו בניית בית אחד, דורשת אישור של שר-הביטחון אישית. בהנחה ששר-הביטחון לא יישב לאשר כל בית ביו"ש, מדובר למעשה בהקפאה מוחלטת שלא תאפשר שום מהלך. מדובר בגזירה שלא היתה כמוה מאז המנדט הבריטי".
דיין אומר כי מועצת יש"ע תציג את העובדות הללו בפני השר אלי ישי כשזה יחזור מחו"ל, בתקוה לשכנעו לפרוש מהממשלה ולהפיל אותה.
דיין ציין כי לראשונה מזה שנים רבות, הקימו כל ראשי היישובים ביו"ש חזית אחידה, כולל שני ראשי מועצות חברי "קדימה" – חסדאי אליעזר מאלפי-מנשה וצבי מה-יפית מאורנית. ביום ראשון שעבר נערך כינוס חירום של ראשי הערים והרשויות המקומיות והאזוריות. בכינוס, שנערך בעיריית אריאל, הוחלט לפתוח לאלתר במאבק במישורים הציבורי, הפוליטי והמשפטי נגד מדיניות ההקפאה בבנייה ביישובי יו"ש, לרבות בגושי ההתיישבות. בישיבה סוכם על איחוד ויצירת חזית משותפת של כל ראשי הרשויות למאבק מתמשך כנגד הקפאת הבניה.