שלושה חודשים לאחר סיכום שלב ב' של הסכם המבוקשים, עולה כי מתוך 200 המבוקשים שנטלו חלק בהסכם רובם המכריע עמדו בתנאיו, כך נמסר אחרי הצהריים משרות הבטחון הכללי.
עוד מציינים בשב"כ כי בנוסף, חלה ירידה בפעילות הטרור גם מצד מבוקשי תנזים שלא נכללו בהסכם, כחלק מדינאמיקה חיובית שהתקיימה בעקבותיו. עם זאת, שירות הביטחון הכללי יתמיד בדרישתו כי פעילים שלא ימלאו 100% מההתחייבויות בהסכם – יהיו חשופים לפעילות ישראלית נגדם.
בשב"כ מזכירים בחודש יולי 2007, נעשה ניסיון לעודד גורמים מתונים ברשות הפלסטינית המעוניינים ביציבות האזור והתנגדות לחמא"ס. במסגרת ניסיון זה, ומתוך רצון לחזק את ביטחון אזרחי ישראל, על ידי צמצום מעגל המעורבים בטרור, הוחלט במערכת הביטחון להקפיא את הפעילות הסיכולית האקטיבית, כנגד כ-170 מבוקשי פת"ח באם יתחייבו לנטוש את דרך הטרור, יסגירו את נשקם ויעמדו בסדרת מגבלות המושתות עליהם בתקופת מבחן ארוכה. המהלך הישראלי תואם עם גורמי הביטחון הפלסטינים, על מנת לאפשר להם להשפיע ולקדם את המהלך, תוך פעולות שכנוע ואכיפה.
בחודש נובמבר, לאחר שתוצאות השלב הראשון הצביעו על ירידה בפעילות הטרור של אוכלוסיית המבוקשים שנכללו בהסכם, אושר למספר עשרות מבוקשים, להחליף את שגרת חייהם כמבוקשים בשגרת חיים של אזרחים שומרי חוק וסדר. בנוסף, צורפו בחודש זה להסכם מבוקשים נוספים, חלקם בעקבות בקשת מנגנוני הביטחון הפלסטינים.
במהלך שלושת החודשים האחרונים, במסגרת השלב השני של ההסכם, נטלו חלק בהסכם מעל 200 מבוקשים שהתבקשו לעמוד בכל תנאיו כפי שפורט בתחילה. עם סיכום השלב השני, בשב"כ מצביעים על ההישגים הבאים:
רובם ככולם של המבוקשים שנטלו חלק בשלב השני של ההסכם, שמרו על ריסון ועמדו בתנאיו.
החריגות שזוהו היו בשולי ההסכם הן מבחינת הכמות והן מבחינת האיכות, ומבוקש שחרג מההסכם שילם על כך על פי קריטריונים נוקשים שנקבעו מול כל הפרה וחריגה.
חלה ירידה דרמטית בכמות וחומרת הטרור שמבצעת אוכלוסיית מבוקשי התנזים, כולל מבוקשים שלא נכללו בהסכם. ההערכה היא כי מדובר בהשפעה "אקלימית" רוחבית, ירידת הפעילות בקרב המבוקשים הנכללים בהסכם, השפיעה גם על מבוקשי התנזים, שאינם נכללים בהסכם.
עם זאת, גם במסגרת השלב השני של ההסכם, האפקטיביות של תרומת מנגנוני הביטחון להצלחת ההסכם הייתה מוגבלת, וההצלחה נבעה בעיקר ממוטיבציה של המבוקשים הנכללים בהסכם לשפר את מצבם האישי.
עם סיום השלב השני, יאושרו למספר עשרות מבוקשים נוספים המעבר לשגרת חיים של אזרחים שומרי חוק וסדר. עם זאת, כמו לקודמיהם בהסכם, מצבם החדש יהיה הפיך ובמידה ויחזרו לעסוק בטרור, יהיו חשופים לסיכול ישראלי, הן בשל פעילותם החדשה והן בשל פעילותם בעבר.