היועץ המשפטי לממשלה, מני מזוז, הודיע הערב כי הוא מצר על החלטת הוועדה למינוי שופטים, אשר החליטה שאין מקום לסיים את כהונתו של הרב מצגר כדיין על פי סמכותה על פי סעיף 16 א לחוק הדיינים.
מזוז אומר, כי "הדיון בוועדה למינוי דיינים היה הזדמנות שהוחמצה לקביעת נורמות ראויות להתנהגות איש ציבור במשרה כה רמה ורגישה, ומסר ערכי-ציבורי בעל חשיבות רבה באשר לעיצוב הנורמות החלות על דיין בישראל".
שר המשפטים ציין שישנם עניינים בהם נהג הרב מצגר שלא כראוי אולם הוא לא מצא שיש בעובדות שהובאו בפני הועדה בסיס מספיק להדחתו מתפקיד. חבר ועדה נוסף הצטרף לעמדתו.
לאחר סיום הדיון הודיע שר המשפטים, כי בדעתו ליזום הצעת חוק שתסמיך את הועדה לקבוע מי מהרבנים הראשיים יכהן כנשיא בית הדין הגדול לערעורים וכן האם תחול רוטציה בתפקיד זה ובאיזה תאריך.
הודעתו של מזוז באה על רקע המתח המתמשך בין הצמרת המשפטית של ישראל, בראשות בית המשפט העליון, לבין שר המשפטים, פרופ' דניאל פרידמן, אשר מחריף בימים האחרונים.
כזכור נגד הרב מצגר התקיימה חקירה פלילית שבסיומה פרסם היועץ המשפטי מזוז דו"ח שבו קבע כי אין תשתית ראייתית להעמיד את הרב מצגר לדין פלילי ויחד עם זאת דרש ממנו לפרוש מתפקידו שאם לא כן "יהיה על שר המשפטים לשקול להביא ענינו בפני הועדה למינוי דיינים כדי שתשקול לסיים את כהונתו".
בהחלטה מיום 3.4.06 כתב מזוז כי הרב מצגר "גילה זילות בכספי ציבור, לא היסס לקבל טובות הנאה בקשר למעמדו כרב ראשי, הסתבך באמירת שקר, ולא נטל אחריות על מעשיו, בגלגלו אותה על הכפופים לו. הינו אדם שרמתו המוסרית והנורמטיבית ירודה ביותר, והוא פסול מלכהן כדיין ו/או כחבר בגוף הבוחר דיינים לבתי הדין הרבניים של מדינת ישראל. הרב מצגר העדיף להמשיך לאחוז במשרתו, בהתעלמו מהפגיעה הקשה שפגע, ושהוא מוסיף לפגוע, באמון הציבור ברשות השופטת ובכלל, ובבתי הדין הרבניים בפרט. הרב מצגר פגע קשות במעמדה של הרבנות הראשית בעיני הציבור, בהמשך כהונתו כרב ראשי, המכהן גם כדיין בבית הדין הרבני הגדול, מגדיל ומעצים את הפגיעה במעמד הרבנות בישראל, ובאמון הציבור בה".