מוסד אל-אקצה לטיפוח המקומות הקדושים לאסלאם, השייך לתנועה האסלאמית ב"פנים הפלשתיני" (כך מכנה התנועה את מדינת ישראל) מאשימה את "הממסד הישראלי" בהתקפת הוונדליזם שבוצעה בבוקר ה- 4 במרץ 2004 במסגד חסן בק. בהודעה לתקשורת (4 במרץ 2008) נמסר, כי אלמונים פרצו למסגד חסן בק ביפו והרסו אדניות ועציצים.
האימאם של המסגד, נוואר דכה, מצוטט בהודעת הארגון כדלהלן: "הגענו כמנהגנו בבוקר לתפילת השחר והופתענו ממראה ההרס אשר היה מנת חלקו של המסגד והגינה. מיד התקשרנו לכל הגורמים הרלבנטיים ובכלל זה מוסד אל-אקצה".
בנימה צינית על דפוסי פעילות המשטרה בחקירת מקרים דומים בעבר הזהיר דכה "מפני הפניית אצבע מאשימה פעם נוספת לעבר משוגע, שכן ניסיוננו לימד אותנו, כי כל מי שתקף את המסגד היו משוגעים והם שוחררו מיד לאחר שנעצרו". דכה קרא לספק הגנה למסגד והביע חשש מפני "התקפות גזעניות נוספות".
מתפללים במסגד חסן בק סיפרו, כי התקפות אלימות נגד המסגד קורות מדי שבוע ובעבר נשרפו מחסני המסגד והושלך ראש של חזיר לתוך מתחם המסגד.
התנועה האסלאמית עורכת ישיבת חירום לדון בהשלכות "ההתקפות החוזרות ונשנות על המקומות הקדושים ביפו, כולל בבית הקברות האסלאמי טאסו" והיא שוקלת להציב אבטחה סביב המסגד.