אירגון "גדודי חופשי הגליל" הטוען כי אנשיו ביצעו את הפיגוע בישיבת מרכז הרב, שב ומאיים כי אנשיו "יבצעו בקרוב פיגוע מפתיע בסוגו וזמנו שישראל לא הכירה עד כה כמוהו, ולא יכולה לדמיין לעצמה".
חופשי הגליל הודיעו שהפיגוע הגדול שאמור להתבצע מיועד כמתנה לחללים הפלסטינים בגדה המערבית ורצועת עזה .
כדי להוכיח כי הוא אכן העומד מאחרי הטבח בישיבת מרכז הרב, פירסם אתמול האירגון הלא מוכר, באמצעות סוכנות הידיעות הפלשתינית "מעאן", תמונה חדשה של מבצע הפיגוע בירושלים, כשהוא לובש מדים. לדברי האירגון, התמונה צולמה לפני יציאתו לפיגוע בישיבת מרכז הרב.
כתבנו מציין כי עד כה עדיין שורר ערפל בשאלה האם הרוצח פעל לבדו או כשליח אחד מאירגוני הטרור. אף אירגון מוכר לא לקח אחריות לפיגוע הקטלני בישיבת מרכז הרב בירושלים. ההודעה היחידה על לקיחת האחריות הייתה ברשת אלמנאר של החיזבאללה מפי אירגון "חופשיי הגליל", אירגון לא מוכר שלא ברור עד כמה הוא בכלל קיים באמת.
מספר אתרי אינטרנט פלשתינים הזכירו כי אין זו הפעם הראשונה בה אירגון זה לוקח על עצמו אחריות לפיגועים. אתר אחד ציין את המקרה שאירע באוגוסט 2007, אז ניסה תושב כפר מנדה שבגליל לתקוף מאבטח של ישיבת עטרת כוהנים בירושלים. התוקף אחמד אל חטיב , תושב כפר מנדה, נורה למוות על ידי המאבטח בתקרית שתועדה במצלמות האבטחה. אז נמסר בהודעות לתקשורת כי אלחטיב היה חבר באירגון "חופשיי הגליל".
בסוכנות הידיעות הפלשתינית "מעאן" צוטט גורם אלמוני שסיפר כי "חוליית חופשיי הגליל" תיכננה את הפיגוע במשך עשרה ימים, וסיפקה למחבל את הנשק הנדרש לבצעו ואת העזרה לוגיסטית הנדרשת בכל שלבי הפיגוע. "פעילי חופשיי הגליל" הכירו את המחבל, כפעיל לשעבר בתנועת חמאס דרך אל-חטיב. שני המחבלים היו חברים.
האלמוני הדגיש כי למרות העבר של מבצע הפיגוע בירושלים שקושר אותו לתנועת חמאס, האירגון בעזה לא יודיע שום דבר על הפיגוע. לדבריו חמאס החוץ היא שתיאמה את הפיגוע .
ביום שישי שעבר, למחרת הרצח, הודיעו באמצעות מערכות הכריזה במסגדי רצועת עזה כי הפיגוע בירושלים בוצע על ידי איש חמאס. אולם בצה"ל אומרים כי מאפייני הרצח – מחבל בודד יורה ולא מתאבד – לא מתאימים לדפוס הפעולה של החמאס. למרות זאת, בחמאס ניסו כל השבוע לפזר רמזים, כי המחבל פעל בשירות הזרוע הצבאית "גדודי עז א-דין אלקסאם". ביום שני דיווח העיתון אל-ג'רידה היוצא בכוויית, בשם בכיר פלשתיני המקורב לתנועת החמאס, כי ראש הלשכה המדינית של החמאס, חאלד משעל, הורה למנהיגי התנועה לא לקבל אחריות על הפיגוע בירושלים מחשש לתגובה קשה מצד ישראל. משעל גם הורה למנהיגי החמאס לנקוט אמצעי זהירות מרביים כדי לא לאפשר לישראל פיגוע נקמה.
לדובר הזרוע הצבאית של החמאס, אבו עוביידה, היה הסבר אחר למה אירגונו לא לוקח אחריות לטבח: "לגדודי אלקסאם יש שיקולים ביטחוניים שאינני רוצה להיכנס אליהם. איננו מעוניינים לספק לאויב הישראלי מידע בחינם. נודיע בזמן המתאים". אבו עוביידה הזכיר כי גם האחריות על הפיגוע בדימונה לא הייתה מיידית.
אולם גורמים ערביים אחרים מתעקשים כי המחבל עלאא' אבו דהים, פעל בשליחות חיזבאללה, כנקמה על רצח מורנייה. מקורות פלשתיניים טוענים כי שעות ספורות לאחר הפיגוע הרסו כוחות צה"ל את ביתו של פעיל הג'יהאד האיסלאמי בבית לחם וליד שחאדה. לפי המקורות הפלשתינים בישראל חושדים כי שחאדה הוא שהכווין את המחבל עלאא' אבו דהים. אותם מקורות מוסיפים כי בתקופה האחרונה התרבו הידיעות כי שחאדה פועל בעצם בשטחי יהודה ושומרון לטובת ארגון החיזבאללה.
אתר המקורב לג'יהאד האיסלאמי ציין כי המחבל עלאא' הישאם אבו דהים היה מיודד עם אלח'טיב ונראה כי השניים היו חברים באותו תא טרור. עוד נכתב באתר כי שני בתים של פעילי הג'יהאד האיסלאמי בבית לחם נהרסו ביום חמישי בלילה בשל טענת ישראל כי הם הכווינו את הרוצח. כלומר, לפי אתר זה הג'יהאד האיסלאמי היה זה שסיפק את התשתית הלוגיסטית לביצוע הפיגוע אם כי המחבל עצמו לא נמנה על שורותיו.
בצה"ל מכחישים את הקשר ואומרים כי הריסת הבית היתה בגלל פעילות המחבל בג'יהאד-האיסלמי ולא מעבר לכך. גם כלי התקשורת הקשורים בחיזבאללה עסקו בעניין בהרחבה. ברשת אלמנאר אף פורסמה כתבה תחת הכותרת "האם החל מסע התגובה בעקבות חיסול עימאד מע'נייה?"