עם היוודע דבר ההסכם שהיה או לא היה בין הפתח' לחמאס צצו במקביל המחלוקות בין שני הארגונים, מחלוקות שלא הותירו למעשה אבן על אבן בנייר שעליו נחתם ההסכם. יועץ רה"מ לשעבר, תא"ל במיל. שלום הררי, חוקר במרכז הבינתחומי בהרצלייה, התייחס ביומן הצהרים של ערוץ 7 להסכמות ולהסכמים בין שני הפלגים והמליץ להגדיר את הנייר כהצהרה ולא כהסכם, כפי שהפתח' עצמו ממליץ לכנות את הנייר המדובר.
הררי מבהיר כי יש לנקוב בביטוי 'הצהרה' ותו לא כיוון ש"אין הסכמות בכלום", כלשונו. להערכתו ההסכמות נכתבו ונחתו אך ורק כדי למנוע פגיעה חמורה בכבודם של המארחים, הממשל התימני. לדבריו כשלון מוחלט של המפגש בצנעא כמוהו כסטירת לחי למארחים, ואת המצב הזה ביקשו שני הצדדים למנוע.
באשר לתוכנו של נייר ההצהרות מציין הררי כי נכללות בו דרישות לאחדות כוחות הביטחון והפלגים ברש"פ. הקמת ממשלה מאוחדת וכיוצא באלה. "לאבו מאזן חשוב מאוד נושא החזרת המצב לקדמותו בעזה. ישנן נקודות נוספות כמו קיום בחירות, איחוד כוחות הביטחון וממשלת אחדות לאומית, אבל נושא החזרת המצב ברצועה לקדמותו הוא החשוב ביותר מבחינת אבו מאזן. לעומת זאת החמאס דורש שאם יוחזר המצב ברצועה לקדמותו ייעשה כך גם ביהודה ושומרון. הם טוענים שהפתח' ביו"ש עשה להם בדיוק את מה שהם עשו ברצועה. להחזרה ההדדית הזו אבו מאזן לא מסכים. אבו מאזן לא מסכים גם להצבתו של איסמעיל הנייה כראש ממשלה מתחתיו.
לדברי הררי הרש"פ מנסה ליצוק תוכן ליוזמה התימנית בדמות החלטה להמשיך ולדון בסעיפים בישיבות שיתקיימו על ידי הצדדים בעתיד, אך לא מעבר לכך".
להערכתו החמאס חש תמיכה גואה ברחוב הפלשתיני, רואה את הצלחותיו במערכות הבחירות ולכן אינו מוצא כל סיבה לחתום על הסכם עם הפתח'.
באשר לתחושות ברחוב הפלשתיני אומר הררי כי האזרח הפשוט, כמו בכל מקום אחר בעולם, מעוניין באחדות, אך ההנהגה רחוקה מאוד ממהלך שכזה. "ההבדל בין החמאס לפתח' הוא הבדל אידיאולוגי, רעיוני עמוק. החמאס מציג עמדה אידיאולוגית איסלאמיסטית כשהשאיפה היא לבנות את האומה האיסלאמית הגדולה, ומנגד הפתח' מציג עמדה כאילו חילונית שבה יש להגיע להישגים במו"מ, ובתוכו קיימת המחלוקת אם מו"מ עם אש או בלעדיה. ברמת המנהיגות התמונה שונה מהעם".