הדרג המדיני ממשיך במדיניות המחוות לפלשתינים ביו"ש – גם על חשבון ביטחון ישראל, ובניגוד לעמדת צה"ל. שר הביטחון, אהוד ברק, הורה לצה"ל להיערך להסרת המחסום הצבאי בצומת איו"ש מצפון לרמאללה, למרות התנגדות הצבא למהלך, בעיקר מצידם של אלוף פיקוד המרכז, גדי שמני ומפקד אוגדת איו"ש, נעם תיבון.
ההנחיה ניתנה במסגרת מדיניות ההקלות שהבטיחה ישראל לפלשתינים, הכוללות הורדת מחסומים כדי להקל על התנועה הפלשתינית ביו"ש.
בצה"ל מתנגדים להסרת מחסום איו"ש, שכן הסרתו תגרום לתנועת כלי רכב פלשתינים באופן חופשי על כביש 60 הישן, הכביש שחיבר במשך שנים בין רמאללה לשכם, בצמוד לבסיסי צה"ל העיקריים ביו"ש – מיפקדת אוגדת יהודה ושומרון, משרדי המינהל-האזרחי ומיפקדת חטיבת בנימין. הכביש גם עובר צמוד לבתי היישוב בית-אל, ובעבר ניצלו מחבלים את התנועה עליו כדי לירות לעבר בית-אל.
צומת איו"ש הוא אחד הצמתים הראשונים שנחסם עם פרוץ מלחמת אוסלו בשנת 2000, אחרי שבמקום היו התפרעויות המוניות, במהלכן בוצע ירי לעבר בסיסי הצבא הסמוכים. בשנת 2000 אף אירע במקום לינץ' בחייל שנקלע בטעות להפגנה במקום. החייל ניצל בנס.
גורמים צבאיים מסבירים כי הסרת המחסום איננה הכרחית מבחינת התנועה הפלשתינית, שכן לפלשתינים יש אפשרות לצאת מרמאללה צפונה לכיוון ג'ילזון בכביש מערבי יותר, דרך צומת סורדא. המחסום בצומת זה, על הכביש שכונה "ציר ולרשטיין" החסום לתנועת ישראלים מזה כ-8 שנים, הוסר כבר לפני חודשים רבים. אולם למחסום איו"ש יש משמעות סימלית בעיני הרשות-הפלשתינית, בעיקר נוכח ההתייחסות לרמאללה כעיר הבירה הפלשתינית הנוכחית (עד שיקבלו את ירושלים).
מחסום נוסף שייפתח ככל הנראה הוא המחסום ב"צומת הכבשים", הכניסה הדרומית לחברון מכיוון יטא. במקרה זה, לא הביעו קציני צה"ל התנגדות לפתיחתו. "צומת הכבשים" נקרא כך משום שבסמוך אליו מתנהל מסחר בבעלי חיים בין מגדלי העדרים מאיזור יאטה וסמוע לבין סוחרי חברון. ב-23 בינואר 2003 נרצחו במקום בפיגוע ירי שלושה חיילי צה"ל- לוחמים בגדוד החי"ר "לביא": סמל ראשון יעקב נעים, בן עשרים מכפר מוֹנַש, רב טוראי אסף ביתן ז"ל (בן 19) מעפולה; רב טוראי רונלד ברר ז"ל (בן 20) מרחובות. המחבלים נמלטו לעיירה יטה כשהם מנצלים את העובדה שהכביש היה פתוח ללא מחסומים.
ביום שני בצהריים הסירו צה"ל והמינהל האזרחי את מחסום 408, שהפריד בין העיר שכם והכפר עצירה א-שמליה, מצפון לה. המעשה בוצע בהוראת שר הביטחון, אהוד ברק. בכך הסתיים למעשה הכתר הממושך שהוטל על שכם, ושהיה אחד הגורמים המשמעותיים שאיפשרו את הורדת הטרור ויציאת מחבלים מהעיר. הורדת המחסום מאפשרת כעת לכלי רכב פלשתינים, בין אם תמימים ובין אם של אירגוני הטרור, לנוע בחופשיות וללא כל בדיקה בכל המרחב הענק של צפון השומרון, בין שכם לג'נין דרך טובאס (על כביש 60, המחבר בין ג'נין ושכם דרך חורבות חומש ושא-נור, עדיין קיים מחסום באיזור שבי-שומרון).
מחסום 408 שכן בצומת דרכים שבין כביש שכם-ג'נין, לבין הכביש הצבאי המחבר בין שבי-שומרון להר-עיבל. למעשה, כלי רכב צבאיים שינועו כעת אל הר-עיבל ובחזרה, יחלפו על פני תנועה פלשתינית בלתי מבוקרת ביטחונית בידי צה"ל.
גורמים צבאיים הסבירו כי למרות שעדיין ישנן התראות על פיגועים המתוכננים בשכם, הרי כתוצאה מפעילות סיכול אינטנסיבית נגד גורמי טרור בשכם ובג'נין, על הצלחותיה, קטנה באופן משמעותי סכנת הטרור מהאיזור, ועל כן ניתן לקחת את הסיכון של הורדת המחסום.
בפיקוד המרכז התנגדו להורדת המחסום מצפון לשכם. אולם שר הביטחון דרש מצה"ל להסיר לפחות מחסום אחד מאלו המכתרים את שכם. הדרג המדיני השאיר לצה"ל את ההחלטה איזה מחסום להוריד. אחד המחסומים ה"מושמצים" ביותר אצל הפלשתינים הוא מחסום חווארה, המכתר את העיר שכם מדרום. אין כמעט פגישה מדינית או צבאית שהפלשתינים לא דורשים להסיר את המחסום הזה. בצה"ל לא מוכנים לשמוע על כך. בפיקוד המרכז החליטו כי מכל המחסומים המקיפים את העיר, זה שהורדתו תגרום את הנזק המועט ביותר הוא מחסום עצירה א-שמלייה. מדובר במחסום היחיד שאינו מחבר בין שכם ליישובים יהודיים באיזור, כמו מחסום חווארה או מחסום צרה ממערב לשכם.
ברק החליט על הסרת המחסומים והקלות התנועה, למרות ששמע אזהרות ברורות מפי קציני צה"ל הבכירים ביו"ש, שמהלכים כאלו עלולים להביא לחידוש פיגועי הירי ביו"ש. ברק שמע ישירות מפי קצינים בכירים בפיקוד המרכז, כי בעבר גררו הורדות מחסומים עליה משמעותית בפיגועים. המחסומים, אומר גורם בכיר בפיקוד המרכז, מהווים גורם משמעותי ביותר במלחמה בטרור הפלשתיני, בסיכול הפיגועים ובתפיסת מבוקשים ואמצעי הלחימה כמו חגורות נפץ. גורמים צבאיים אומרים כי מספר המחסומים כיום ביו"ש הוא המינימלי הדרוש לביטחון, והסרת ולו חלק מהם במצב הנוכחי תוריד את הביטחון "מתחת לקו האדום" של הסיכונים. בצה"ל יודעים היטב כי עדיין לא נמצא הנוסחה הפלאית, איך לעשות הקלות בתנועה לאוכלוסיה הפלשתינית שאינה מעורבת בטרור, בלי להקל באותה הזדמנות על האוכלוסיה הפלשתינית שכן מעורבת בטרור.