הקרע בעולם האסלאמי בין הסונים לשיעים הולך ומעמיק נוכח התרחבות ההשפעה האיראנית – שיעית, והצהרת הכוונות של נשיא איראן אחמדי נג'אד להחיות את הח'ליפות השיעית. ארגון צבא האסלאם, שלוחה של אל-קאעידה שפעיליה היו שותפים בחטיפת גלעד שליט, פרסם אמש (3 ביוני 2008) הודעה בה הוא מזהיר מפני "תוכנית ספווית – שיעית המתרקמת באופק... החותרת להרוס את המדינות (הסוניות)" תוך שהוא מציין ש"עיראק ולבנון הן דוגמה טובה לכך". צבא האסלאם קרא למוג'אהידין להתגייס אל מול הסכנה השיעית ולהיות ראש חץ במאבק.



חמאס קיים שיתוף פעולה הדוק עם צבא האסלאם שכלל בין היתר פעולות טרור משותפות. גורמים המקורבים ל"צבא האסלאם" ברצועת עזה מסרו, כי בעקבות העסקה לשחרור העיתונאי הבריטי בן ג'ונסטון שנחטף ע"י צבא האסלאם (יולי 2007) העביר חמאס לארגון 5 מיליון דולר ויותר ממיליון כדורי קלצ'ניקוב. מומתאז דורמוש, מנהיג "צבא האסלאם" (שנטל חלק ברצח מוסא ערפאת, ראש מנגנון המודיעין הצבאי הפלשתיני) קיבל הבטחה מהחמאס שהוא לא יועמד לדין בגין חיסול קצין בכיר במודיעין הכללי הפלשתיני. כמו כן, הוסכם שלא יחשפו הפעולות הצבאיות המשותפות שביצעו החמאס ו"צבא האסלאם".



אבו עאשור, יד ימינו של מנהיג "צבא האיסלאם" מומתאז דורמוש, הודה בעבר ארגון צבא האסלאם "מאמץ את העקרונות בהם מאמינה אל-קאעידה" ודוגל בהקמת מדינה אסלאמית בעזה ובשחרור פלשתין. הוא ציין, כי אל-קאעידה שולחת כסף למימון הפעילות של צבא האסלאם, וכן מעבירה הנחיות לפעולה. ארגון אל-קאעידה הינו מתנגד חריף לשיעה ורואה בה כפירה באסלאם. הודעת צבא האסלאם עשויה לסמן קרע בין חמאס לארגונים המקורבים בתפיסתם האידיאולוגית לאיראן.