המשא ומתן בין חמאס לפתח' על יישוב ההדורים ביניהם וחזרה לממשלת אחדות פלשתינית נתקל בקשיים ניכרים בגלל פערי העמדות העמוקים, הנוגעים בסוגיות המהות באשר לסמכות השלטון והפעלת כוחות הביטחון והמליציות.
מקורות בחמאס מוסרים (פלשתין אל-יום, 11 ביוני 2008), כי הארגון הכין מסמך ביטחוני אשר יוצג בשיחות התיווך עם הפתח', אשר צפויות להיערך בקרוב בקהיר, בירת מצרים. על פי המסמך, חמאס אינו מוותר מבחינה עקרונית על השליטה הביטחונית ברצועת עזה וימשיך לשמור על הזרוע הצבאית שלו- גדודי עיז א-דין אל-קסאם.
בכיר בארגון ציין בהקשר זה, כי על מנת לשמור על היציבות הביטחונית ברצועת עזה יש למצוא נוסחה אשר לא תביא לשינוי במצב. לדבריו, חמאס אינו מקבל את הגישה של אלה הטוענים שצריך להחזיר את המצב לקדמותו לפני יוני 2007, שכן הדבר עשוי לעורר מחדש את הסכסוכים הפנימיים, ובכל מקרה מנגנוני הביטחון צריכים להיות נתונים תחת פיקוד של הממשלה (חמאס), ובמשתמע לא של הנשיאות, בראשותו של אבו מאזן.
מעברו השני של המתרס, בכיר בפתח' אמר כי יו"ר הרשות הפלשתינית, אבו מאזן, דרש בשיחות עם חמאס לפרק את כל הזרועות הצבאיות ברצועת עזה, ובכללם גדודי עיז א-דין אל-קסאם בדומה לצעדים שנקטה הרשות באזור יהודה ושומרון.