הפילוגים בחברה הפלשתינית לא פוסחים גם על הג'יהאד האיסלאמי. מקורות פלשתיניים דיווחו על מחלוקות קשות בזרוע הצבאית של הג'יהאד האיסלאמי בעזה וכי אחת הקבוצות של הזרוע, שעל פי הדיווחים נתמכת על ידי איראן, אינה מצייתת להוראות הדרג הפוליטי של הארגון.
המחלוקות הללו הידרדרו והובילו לחטיפות הדדיות שמבצעות קבוצות של הג'יהאד האיסלאמי.
באירוע אחר ברצועת עזה, שלשום (ב') נהרגו שני מחבלי עז אל-דין אלקסאם, הזרוע הצבאית של החמאס, ומספר נוספים נפצעו בפיצוץ במחנה אימונים בח'אן יונס שברצועת עזה. ערוץ "אלג'זירה" דיווח כי משרד הפנים של ממשלת החמאס הודיע שנראה כי מדובר בפיצוץ מקרי שאירע במהלך האימונים.