גם במשרד הביטחון מתכוננים לאירועי טרור מסוגים של תרחישים שונים. היום התקיים במשרד הביטחון תרגיל מנהלים המדמה פיגוע טרור הכולל שימוש בחומרים רדיולוגיים והוא מהווה חלק מתוכנית רב שנתית של תרגילים ברמות שונות ובהיקפים שונים שמטרתם שיפור מוכנות מדינת ישראל אל מול מגוון רחב של איומים אפשריים.
על פי החלטת הממשלה, שר הביטחון נושא באחריות הכוללת לטיפול באירוע טרור הכולל מרכיבים בלתי קונבנציונאליים. המשטרה, צה"ל, פיקוד העורף, מד"א, כיבוי אש, המשרד להגנת הסביבה, משרד הבריאות וגורמים נוספים משתתפים בטיפול באירוע מסוג זה ונציגיהם השתתפו בתרגיל, תוך שיתוף פעולה מלא בין כל הגופים.
התרגיל הנוכחי עוסק באיום הרדיולוגי, שמשמעותו פיזור חומרים רדיואקטיביים על ידי גורמים עוינים במסגרת פיגוע טרור ("פצצה מלוכלכת").
האיום הרדיולוגי הינו איום מוגבל מעצם טבעו ברמת הנזק המיידי שהוא עלול לגרום. רוב הנפגעים באירוע המשלב פיצוץ מטען חבלה ומקורות רדיואקטיביים צפויים להיפגע ממטען חומרי הנפץ הרגילים. המקורות הרדיואקטיביים שסביר להניח שישמשו בפיגוע טרור, עלולים לגרום לנזקים בריאותיים בהיקף מצומצם יחסית בקרב מספר מועט של אנשים שיחשפו באופן ישיר לחומרים אלו.
יחד עם זאת, השימוש בחומרים רדיולוגיים בפיגוע טרור מטרתו לזרוע פחד ובהלה בקרב הציבור, תוך ניצול חוסר הידע והחשש מפני הלא מוכר והלא ידוע, והחיבור לפרסומים בתחום נזקי הקרינה. כאמור, הנזק האמיתי הבריאותי הצפוי מוגבל ומצומצם ואחד האתגרים בתחום זה הוא העברת מדע מוסמך ומקצועי לציבור.
התרגיל שנערך במשרד הביטחון תרגל הן את מוכנות הגופים האחראיים לטיפול באירוע ברמת השטח, והן ברמת המטות. בנוסף נבחנו היבטי הדוברות והעברת המידע לציבור. התרגיל נוהל על ידי עוזר השר להתגוננות. סגן שר הביטחון מתן וילנאי השתתף בתרגיל וניהל את הצוות לניהול משברים. מסקנות התרגיל והמלצות להמשך יוצגו לעיון ואישור שר הביטחון אהוד ברק.