מקורות פלשתיניים מוסרים לעיתון "אל-חיאת" (11 בספטמבר 2008) כי היחסים בין החמאס לג'יהאד האסלאמי חווים בתקופה האחרונה מתיחות קשה. מנהיגי שני הארגונים, ח'אלד משעל ורמדאן שלח, נועדו בדמשק בניסיון ליישב את המחלוקת בין הארגונים מחשש להתדרדרות אלימה בלתי מבוקרת.



הרקע למתיחות נעוץ בשורה של פעולות שנקטה ממשלת חמאס נגד גורמים הקשורים לג'יהאד האסלאמי. כוחות משטרת חמאס פיזרו בכוח עצרת שערכו מורים השייכים לארגון הג'יהאד האסלאמי במחאה על השביתה במגזרי החינוך והבריאות. אנשי החמאס גם השתלטו על מספר מסגדים של הג'יהאד האסלאמי, דחו את בקשת אגודות חברתיות של הארגון לקבל רישיון לפעולה, עצרו פעילים של הג'יהאד והרסו בסיסי אימונים של הארגון.



המקורות הפלשתינים הביעו חשש שהמתיחות ביחסים בין שני הארגונים יובילו להתנגשויות חמושות ברחבי רצועת עזה. גורם בג'יהאד האסלאמי ציין כי אם יתרחש הפיצוץ, הארגון יפנה אותו לכיוונה של ישראל וישוב לשגר טילים לעבר מטרות ישראליות, אשר רמת המוכנות בהקשר זה עלתה בתקופת הרגיעה (תהדיאה) לאחר שנערכו אימונים צבאיים של הפעילים בחודשים האחרונים.



כלפי חוץ מנסים החמאס והג'יהאד האסלאמי לשמור על חזות של תיאום ושיתוף פעולה. בהודעה משותפת שפרסמו לפני מספר ימים נמסר, כי נמשכת מערכת היחסים "האסטרטגית" בין שני הארגונים ואירועים מקומיים לא ישפיעו עליה. כמו כן, הוסכם על הקמת ועדות משותפות בדרגי השטח כדי למנוע תקריות ועל המשך הפעילות נגד ישראל.