מקורות פלסטינים בביירות מסרו, כי נתק נוצר ביחסים בין מנהיג חמאס ח'אלד משעל לבין מנהיג הג'יהאד האסלאמי רמדאן שלח, כך מדווח הבוקר אתר "אילאף" (17 באוקטובר 2007). הגורמים הפלסטינים העריכו, כי המתיחות ביחסים בין השניים קשורה לאי זימונם של שלח ואנוור אבו טהא מבכירי הג'יהאד האסלאמי לועידת ירושלים הנערכת בדוחה על אף היותו חבר מועצת הנאמנים של הועידה.
עוד טענו, כי סביר שחמאס מחקה במתכוון את שמותיהם של שלח ואבו טהא מרשימת המוזמנים ככל הנראה בשל רצונה להיות הארגון היחיד המייצג את הפלסטינים בוועידה על מנת להשתלט על הכספים שיוקצו לסיוע לפלסטינים ותמיכה בירושלים. מעבר לכך, ציינו גורמים אלה כי לחמאס עניין לדחוק את רגלי הג'יהאד האסלאמי בזירה האזורית ולהפוך לגורם היחיד המקבל את כספי סיוע הן המדינות הסוניות והן השיעיות. יש לציין בהקשר לכך, כי הג'יהאד האסלאמי נחשב לנתון תחת השפעה מלאה של איראן ואחדים ממנהיגיו המירו את אמונתם לאסלאם השיעי.
בתגובה למהלכי חמאס טענו בג'יהאד האסלאמי, כי הארגון אינו שיעי אלא סוני במהותו ובשורשיו, והזהירו כי עלולה להיות לכך משמעות לגבי עמדת הארגון ביחס לדיאלוג הלאומי הפלסטיני האמור להיפתח בקרוב בקהיר. הם רמזו, כי חמאס עשוי לאבד את תמיכת הג'יהאד האסלאמי בשיחות עם ארגון פתח. בחודשים האחרונים עלה מפלס המתח בין חמאס לג'יהאד האסלאמי ברצועת עזה. ממשלת חמאס פעלה עצרה פעילים של הג'יהאד האסלאמי, פיזרה בכוח הפגנה של שאורגנה ע"י הג'יהאד האסלאמי ופגעה במחנות האימונים של הארגון. המטרה העיקרית של צעדים אלה הינה חיזוק שלטון חמאס ברצועת עזה ומניעת כל אופוזיציה שאינה הולכת בתלם ועלולה לסכן את המשטר.