ב'יד ושם' מבהירים כי ביקור האפיפיור בישראל הנו "עניין פוליטי ולכן יד ושם אינו חלק מעניין זה". זאת בעקבות הדיווחים על החלטת האפיפיור שלא לקיים את ביקורו בישראל עד שלא יוסר שלט המקובע ב'יד ושם' ובו גינוי לאפיפיור פיוס ה-12 על שתיקתו מול השמדת היהודים בשואה. כך כזכור הודיע לפני ימים אחדים הקרדינל פטר גומפל הממונה על הליך הגדרתו של פיוס ה-12 לקדוש על ידי הוותיקן.
דוברת 'יד ושם', איריס רוזנברג, מציינת כי גם דובר הוותיקן ציין שאכן מדובר בסוגיה פוליטית ול'יד ושם' אין נגיעה לנושא.
באשר לעצם הדיון אודות פעילותו של פיוס ה-12 נזכיר כי גורמים בוותיקן מתעקשים לטעון כי הקביעה שהוא שתק מול השמדת היהודים אינה נכונה מכל וכל וכי לא די בכך אלא שהוא פעל להצלת יהודים אם כי באורח שקט. זאת על מנת למנוע את פעילות הנאצים נגד מאמציו.
בשאלה זו מציינת דוברת 'יד ושם' כי "חקר תקופת השואה ובתוכו גם נושא פיוס ה- 12 הנו דינמי ונמשך כל העת". עוד ציינה כי "פעילותו של פיוס ה- 12 בתקופת השואה היא סוגיה שנויה במחלוקת בין חוקרים בעולם".
באשר לשלט המריבה בו נכתב כי "פיוס ה-12 לא הצטרף לגינוי שהביעו בעלות הברית נגד רצח יהודים. בשעה שבה גורשו יהודי רומא לאושוויץ הוא לא התערב", אומרת דוברת 'יד ושם כי "הצגת הנושא במוזיאון לתולדות השואה ביד ושם מבוססת על מיטב המחקר בנושא".
עם זאת הוסיפה כי "החוקרים ביד ושם קשובים לכל התפתחות במחקר ולכל מסמך חדש בנושא וממשיכים להתעמק בכל היבט של התקופה. 'יד ושם' בטוח שפתיחת ארכיוני הוותיקן הנוגעים לתקופת השואה יסייעו לקדם את המחקר בנושא למען בירור הסוגייה ההיסטורית".