מוזיאון ישראל מציג קטע ממגילת המקדש (טורים מה-סז) שטרם הוצג בישראל. זהו הארוך מכל קטעי המגילות שנתגלו עד כה במדבר יהודה ואורכו 3.13 מרים. הקטע עוסק בענייני טומאה וטהרה, בהלכות המת ובסוגיות אחרות הקשורות לעולם המקדש.
נושא המקדש הוא מן הנושאים הקדומים המוכרים באמנות היהודית. לצדה של מגילת המקדש מוצגים בתערוכה מתקופת בית המקדש השני תיאורי מנורת שבעת הקנים ושולחן לחם-הפנים על מטבעות, וכן חרותת מנורה על טיח שנתגלתה באחד הבתים של העיר העליונה שבירושלים. כן מוצגים מטבעות מתקופת מרד בר כוכבא שלאחר חורבן הבית (135-132 לספירה)ובהם מתוארים חזית המקדש, ארבעת המינים וכלי בית המקדש כסמל ל'זכר המקדש' - המסר העיקרי במאבקם של המורדים - ולעצמאות המדינית שהיתה ואיננה. דימויים נוספים מעולם המקדש, כגון השופר, המחתה, האתרוג, הלולב, המנורה וארון-הברית, שנמצאו במערות קבורה מן המאה ה-3 וה-4 ועל כלים ופסיפסים מן התקופה הביזנטית (המאה ה-4-ה-6) מוצגים בתערוכה והם ביטוי מתמשך לאמונה לבניית בית המקדש.