חברת "אגד" ושניים ממנהליה מואשמם בגרימת זיהום אוויר חמור לסביבה. בכתב אישום שהוגש לבית משפט השלום בפתח תקווה מואשמת החברה ושניים ממנהליה בהתעלמות מתקני זיהום האוויר החדשים של המשרד להגנת הסביבה.
על-פי כתב האישום, לקראת שנת 2006 רכשה החברה 170 אוטובוסים חדשים, כששניים מהם בלבד עומדים בתקן הנדרש. זיהום האוויר שנגרם מהשימוש באוטובוסים העומדים בתקן הקודם, "יורו 3", גבוה בעשרות אחוזים מאשר בחדש, ובכך למעשה הפרו מנהלי החברה צו אישי שהוטל עליהם.
לפי המשרד להגנת הסביבה, זיהום האויר הכרוך בשימוש באוטובוס העומד בדרישות התקינה "יורו 3" חמור בעשרות אחוזים מאשר פליטת זיהום האויר מאוטובוס העומד בתקן "יורו 4".