דו"ח אכיפת החוק ביהודה ושומרון הוא נסיון ראשון מסוגו לגלות ולחשוף את האמת על מערכת האכיפה באזורים אלה, באמצעות נתונים, עובדות, וניתוחים סטטיסטיים, ולא באמצעות ססמאות. הציטוטים, המספרים והניתוחים הסטטיסטיים המובאים בדו"ח לקוחים כולם מנתונים רשמיים של מערכת אכיפת החוק, ועל כן הם בלתי ניתנים להכחשה. הניתוח נעשה בסיועם של מומחים בתחום הקרימינולוגיה והסטטיסטיקה, והמסקנות הן מדהימות, משום שהם עומדות בסתירה לכל הסיסמאות שהורגלנו בהן במשך שנים.
הנתון העיקרי העולה מהדו"ח, שחיבר ארגון זכויות האדם ביש"ע,הוא שביהודה ושומרון מופעלת במשך שנים אכיפת חוק סלקטיווית כלפי מגזרים שונים: אכיפת-יתר כלפי המתיישבים היהודים, ותת-אכיפה כלפי התושבים הערבים וכלפי פעילי השמאל. מדובר באכיפה סלקטיווית המעוגנת בנהלים מחייבים, שגובשו ע"י היועץ המשפטי לממשלה, והמופעלים בניצוחו של פרקליט בכיר בפרקליטות המדינה – עו"ד שי ניצן.
הפרק הראשון של הדו"ח סוקר את "הנהלים המיוחדים", המהווים ב-15 השנים האחרונות את מקור המחוייבות הראשי של משטרת מחוז ש"י. הוא מפרט כיצד גובשו נהלים אלה, ככלי שלטוני שנועד לדכא גילויי התנגדות להסכמי אוסלו, כיצד הוסתרו וכיצד נחשפו ברבים, ומה היו – ונותרו – כלי אכיפת-היתר המאפיינים אותם: הפעלת השב"כ כגורם מודיעיני, שימוש נרחב בצווי הגבלה והרחקה, נוכחות משטרתית מסיבית וכוחנית, ריבוי מעצרים, פתיחת תיקים סיטונית ויזומה, צוותי חקירה מיוחדים, וקריטריונים מחמירים בהגשת כתבי אישום. מדובר בפעולות אכיפה שאין להן אח ורע במחוזות אחרים במשטרת ישראל. בסיום פרק זה נבחנת ההתאמה בין דו"ח ועדת שמגר ובין "הנהלים המיוחדים", כשהמסקנה היא שמחבלי הנהלים ומפעיליהם השתמשו בדו"ח שמגר כמקפצה לרדיפתם ולדיכויים של מתיישבי יש"ע. למעשה, תכלית גיבושם של הנהלים המיוחדים היתה שימוש במערכת אכיפת החוק על מנת לאפשר לממשלה לדכא מתנגדים פוליטיים.
הפרק השני של הדו"ח עוסק בנתונים הסטטיסטיים בהם משתקפת אכיפת היתר. הטבלאות והגרפים המובאים בו הם מדהימים, ומוכיחים מעבר לכל ספק את האפליה כפי שהיא באה לידי ביטוי בפרמטרים בהם מקובל לבחון אכיפת-חוק: מספר השוטרים ביחס לכמות האוכלוסיה, אחוז תיקי החשיפה, אחוז הגילויים בתיקי חקירה , אחוז כתבי האישום המוגשים לבתי משפט, ואחוז ההרשעות – כל אלה גם יחד נותנים תמונת מצב ברורה וחד משמעית: מדובר באכיפת-יתר מכוונת ומונחית מגבוה, אשר מוקצים לה משאבים חסרי-תקדים, על חשבון שירותי המשטרה במחוזות אחרים וגם במחוז ש"י עצמו, על חשבון זכויות היסוד של התושבים היהודיים, ועל חשבון הכלל היסודי ביותר של שלטון חוק במדינה דמוקרטית: הכלל של השוויון בפני החוק. אכיפת-יתר זו מתנפצת, בדרך כלל, אל כתלי בתי המשפט, כיון שזוהי המסגרת הראשונה בה נבחנים התיקים הפליליים של ציבור מתיישבי יש"ע בקנה מידה אובייקטיבי יחסי, ובאמות המידה המשותפות לכלל האוכלוסיה. (אם כי דברי השופט דרורי, המובאים בהמשך מלמדים על לחצים העלולים להביא לאכיפת-יתר גם בין כתלי בתי המשפט).
הפרק השלישי של הדו"ח משווה בין אכיפת היתר המופעלת כלפי המתיישבים היהודיים, ובין תת-אכיפה ומראית-חוק המופעלים כלפי ערביי האזור וכלפי אנרכיסטים ופעילי שמאל. גם בפרק זה, ההשוואה נעשית על בסיס נתונים רשמיים, כגון: מספר תיקי החקירה, ואחוז כתבי האישום, ובאמצעות סקירת אמצעי האכיפה – כגון: הכלים המודיעיניים, משאבי כח האדם, והשימוש באמצעי אכיפה חריגים – ומידת הפעלתם כלפי כל אחת מקבוצות האוכלוסיה הנבדקות. כן נחשפים בפרק זה הנהלים המכתיבים תת-אכיפה כלפי האוכלוסיה הערבית באזור, ומוצגות תוצאותיה של תת-אכיפה זו, הן במבחן הנתונים הסטטיסטיים, והן במבחן בתי המשפט, אשר פעמים רבות מתחו ביקורת חריפה על האכיפה הסלקטיווית והאפליה הבוטה. הפערים באכיפה מומחשים באמצעות טבלה הסוקרת את תהליך האכיפה לכל ארכו, ומשווה בין פעולות האכיפה המבוצעות כלפי יהודים לבין אלה המבוצעות כלפי ערבים. בסיום פרק זה נבחנת האפליה באכיפה בהיבט של שירותי המשטרה וההגנה שאמורה המשטרה לספק לאזרח היהודי תושב יהודה ושומרון, וזאת באמצעות סקירת מצבם העגום של החקלאים היהודיים – המהווים אוכלוסיית-יעד מועדפת לאלימות הפוגענית של ערבים ושל אנרכיסטים ופעילי שמאל כאחד. מהטבלה המצורפת עולה, שרשויות החוק אינן עושות דבר על מנת להלחם בהתנכלויות החוזרות ונשנות כלפי החקלאים היהודיים, וזאת בשעה שמנגד, מושקעים משאבים עצומים בהגנה על החקלאים הערבים באותה יחידת-שטח ממש. מן הראוי שרשויות החוק יפעילו מדיניות של אכיפה שוויונית על מנת לספק שירותי משטרה והגנה מפני פשיעה גם לתושבים היהודיים ביהודה ושומרון.
הפרק הרביעי של הדו"ח עוסק בצוות הבכיר המוביל את מדיניות האכיפה הסלקטיווית, "צוות אכיפת החוק באיו"ש" – אשר עקב ביקורת ציבורית נוקבת בוטל פורמלית כבר בשנת 1998, אך למעשה ממשיך להתקיים (בניגוד להבטחות רשמיות של היועץ המשפטי לממשלה) עד עצם היום הזה. בראש הצוות עמדה בעבר עו"ד טליה ששון, ועם פרישתה החליף אותה עו"ד שי ניצן. הפרק סוקר את דרכי התנהלותו של "צוות האכיפה": פתיחת תיקים שכבר נסגרו, הפעלת לחצים על בתי המשפט, הרכבת "רשימה שחורה" של מפרי סדר, הוצאת צווים מינהליים, וקיום קשר ישיר אל קציני החקירות בשטח. צוות האכיפה פועל בניגוד להחלטות הכנסת, ומנגד – הוא נתון להשפעתם של ארגוני שמאל שונים.
הפרק החמישי והאחרון של הדו"ח עוסק באפליה באכיפת דיני המקרקעין ביהודה ושומרון. הסקירה הניתנת בפרק זה אינה מקיפה, שכן עניינו של הדו"ח אינו הדין האזרחי אלא הדין הפלילי ואכיפתו. יחד עם זאת, לאור העובדה שהאפליה הבוטה בתחום התכנון והבניה וגררת תחושות קשות אצל המתיישבים ומהווה לעתים קרובות גורם מתסיס לפעולות מחאה שונות – מובאת התייחסות גם לנושא טעון זה. בפרק זה מובאות ראיות לאפליה בוטה ביותר של מתיישבי יהודה ושומרון, הן בחקיקה עצמה, הן באכיפת החוק, וזאת גם ביחס לשאר אזרחי ישראל שמעבר לקו הירוק, וגם ביחס לשכניהם הערבים. העובדה שאפליה זו הוכשרה ע"י בג"צ רק מחזקת ומעצימה את תחושות הקיפוח ואי-הצדק, הבאות לידי ביטוי בפעולות מחאה שונות. בסיום פרק זה מובאים דברי הביקורת החריפים של השופט המחוזי משה דרורי, על התנהלות רשויות החוק בפרשת חוות פדרמן. דברים נוקבים אלה מהווים לא רק כתב אישום חמור ותמרור-אזהרה, אלא גם משקפים את זעקת-הלב של רבים בקרב ציבור המתיישבים היהודים, אשר התנהלות מערכת האכיפה כלפיהם גורמת להם לאבד כל אמון בשלטון החוק.
בפרק הסיכום של הדו"ח נכתב, שרב מאד המרחק בין הסיסמאות והקלישאות המופרחות בתקשורת ובשיח הציבורי על אכיפת החוק ביהודה ושומרון, ובין המציאות. המציאות – כפי שהיא משתקפת מהנהלים, מהנתונים, ומהטבלאות – מלמדת על אכיפת יתר חסרת כל פרופורציה וסבירות, על השקעת משאבי משטרה בקנה מידה עצום, על רמיסת זכויות האזרח של המתיישבים באמצעות אכיפה מופרזת מחד, והעדר הגנה מפני תוקפנות מאידך. חמור מכך: היא מלמדת על שימוש במערכת ובכלי אכיפת החוק לצרכים של הכבדה על אוכלוסיה מסויימת, המתוייגת כבעלת גוון פוליטי או אידיאולוגי מסויים, וזאת על חשבון הקצאת משאבי משטרה לצרכים האמיתיים של האזרח הישראלי באשר הוא. נשאלת השאלה: מהי ההצדקה החוקית, החוקתית, והערכית לכך? וכן נשאלת השאלה: מדוע מוסתרת מעיני הציבור התמונה האמיתית של אכיפת החוק במחוז ש"י, ומדוע מוצגת במכוון, לאורך שנים, תמונה שאין לה דבר וחצי דבר עם המציאות? על שאלות נוקבות אלה נדרשים ראשי מערכת האכיפה בישראל להשיב.