המדינה מצידה טענה כי שינוי התוואי יביא לפגיעה בשכונה חדשה הנבנית ביישוב מתתיהו שבבנימין.
בג"ץ הורה למדינה לקיים לאלתר את החלטת בג"ץ מחודש ספטמבר 2007 וחייבה אותה בהוצאות משפט.
נזכיר כי לפני כשנה ניתן צו בבג"ץ אשר הורה למדינה לשקול מחדש, בתוך זמן סביר, חלופה לתוואי גדר הביטחון באדמות בילעין: חלופה המפחיתה מן הפגיעה בתושבי בילעין; העוברת, ככל הניתן, על אדמות מדינה; והמותירה בצדה המזרחי של הגדר את שטחי שלב ב' של תכנית "מתתיהו מזרח", את השטחים המעובדים שבוואדי נחל דולב, וחלק מן המובלעות של אדמות פלסטיניות פרטיות המצויות בתחומי תכנית 210/8/1.
כשמונה חודשים לאחר מתן פסק הדין, פנה ראש מועצת בילעין לבית המשפט בבקשה לצו לפי פקודת בזיון בית המשפט. בבקשה נטען, כי למרות הזמן הרב שחלף, לא נעשה דבר למימושו של פסק-הדין, ועל כן התבקש בית המשפט להורות למשיבים לקיים באופן מיידי את האמור בצו המוחלט שניתן בפסק הדין. ביום 6.7.08 הגישו המשיבים לבית המשפט הודעה מטעמם בה הודיעו על פרסום צו תפיסה לשם סלילת תוואי חדש של גדר הביטחון באזור נשוא העתירה, בית המשפט טען כי התוואי החדש אינו עומד באמות-המידה שנקבעו בפסק-הדין, ונבחר תוואי חדש.
בפסק הדין היום קבע ביהמ"ש כי "אין בחלופה שנבחרה כדי לקיים את הוראות פסק-הדין. המשיבים מצווים, אפוא, לקיים את הוראות פסק-הדין ללא השתהות נוספת, ולהתוות תוואי לגדר באזור נשוא העתירה אשר עונה על הקריטריונים אשר נקבעו בפסק-הדין. בהתחשב בנסיבות העניין, יעשו כן בהקדם האפשרי". ביהמ"ש חייב כאמור את המשיבים בהוצאות המבקש בהליך זה בסכום של 10,000 ש"ח.
בפסק הדין הודגש כי "בפסק הדין הורינו למשיבים לשנות את תוואי הגדר לאחר שמצאנו כי התוואי הקיים אינו עומד במבחני המידתיות, אולם נמנענו מטעמים מובנים מלקבוע במדויק את החלופה ההולמת, היות ואין זו דרכו של בית המשפט. המומחיות ושיקול הדעת בהתוויית תוואי הגדר הם של המפקד הצבאי, בית המשפט אינו מורה למפקד הצבאי כיצד לפעול, אלא מעביר את ביקורתו השיפוטית על החלטותיו, ובוחן את חוקיותן על פי אמות המידה שהותוו בפסיקה. בדומה, בית המשפט לא קצב לוח זמנים מדויק לביצוע פסק-הדין, מתוך הבנה כי השינוי עליו הורינו מחייב היערכות וזמן מתאימים, ועל יסוד החזקה כי המשיבים יעשו למימוש פסק-הדין במהירות האפשרית הנדרשת מנסיבות העניין. והנה, התברר כי למדינה נדרשו חודשים ארוכים לקבוע תוואי חדש. יתרה מכך, התוואי שנבחר בסופם של דברים אינו תואם את אמות המידה אשר נקבעו בפסק-הדין. כך, החלופה שנבחרה אינה בנויה ברובה על אדמות מדינה אלא על אדמות פלסטיניות פרטיות, חלקן מעובדות בצפיפות, וכתוצאה מכך יפגעו דונמים רבים של אדמות מעובדות ומטעי זיתים בנחל דולב; בנוסף, חלופה זו מותירה חלק מהקרקעות המיועדות לשלב ב' של תכנית מתתיהו מזרח ממערב לגדר; כמו כן, היא אינה מותירה אף אחת מבין המובלעות של קרקעות פלסטיניות פרטיות ממזרח לגדר; וחשוב מכל - נוכח כל האמור לעיל - חלופה זו אינה מפחיתה מן הפגיעה בתושבים המקומיים".