איגוד ישיבות ההסדר מחלק מלגות לימודים בשווי מאות אלפי שקלים לתלמידים מעוטי יכולת. המלגות מחולקות על ידי ועדה מיוחדת של האיגוד, על פי קריטריונים ובהמלצת הישיבות. המפתח לחלוקתן נעשה בהתאם לגודלה של ישיבת ההסדר. המלגות ניתנות לשם תשלום שכר הלימוד לישיבה, לתלמידים אשר מתקשים בתשלום השכר בשל סיבות אישיות ומשפחתיות.
השנה תחולקנה 222 מלגות לימודים בשווי כולל של 266,400 ₪, כאשר הסכום שיקבל כל תלמיד הוא 1200 ₪.
בשנים האחרונות חל גידול במספר התלמידים המגיעים לישיבות מהפריפריה וממשפחות רבות שאינן נמנות על המעמד הסוציו אקונומי הגבוה. מציאות זו חייבה התייחסות של האיגוד לאותם תלמידים המתקשים לשלם את שכר הלימוד, ואכן הוא נרתם לגיוס כספים ממקורות שונים כדי לאפשר גם לתלמידים מעוטי יכולת את האפשרות ללמוד בישיבות ההסדר.
מנכ"ל האיגוד, איתן עוזרי, הסביר: "אנחנו מחויבים לדאוג לכך שכל בחור שרוצה ללמוד תורה ולשרת בצבא יוכל לעשות זאת בישיבות ההסדר ללא קשר ליכולתו הכלכלית. אנו מאמינים כי מתן המלגות יעודד ציבורים נוספים להצטרף למפעל ישיבות ההסדר ויאפשר את הרחבת מעגל לומדי התורה התורמים לביטחון המדינה".
נציין כי כבר במהלך שנת תשס"ח חילק האיגוד 176 מלגות בשווי כולל של 176,000 ₪. השנה הגדיל את הסכום המחולק ואת כמות המלגות על מנת לאפשר לכמה שיותר תלמידים ללמוד תורה בישיבות ההסדר. איתן עוזרי, מנכ"ל האיגוד הוסיף: "אנו שואפים בשנת 2009 להרחיב באופן משמעותי את הסכום ולבצע חלוקה נוספת של מלגות בסכום של כ-300,000 ₪, יהי רצון ופעולתנו הקטנה הזו תוסיף קצת קמח על מנת להרבות תורה", סיכם עוזרי.