פעם נוספת נחשף הקשר ההדוק בין האחים המוסלמים לבין ארגון חמאס. כוחות הביטחון המצריים עצרו לפני מספר ימים את ג'מאל עבד אל-סלאם, מבכירי האחים המוסלמים, בחשד שהעביר כספים לחמאס והקים חוליה שמטרתה הייתה לגייס סטודנטים לצורך הכשרה צבאית ושליחתם לרצועת עזה. ג'מאל עבד אל-סלאם משמש מנהל ועדת הסיוע של "התאחדות הרופאים הערבים", הנמצא בשליטת האחים המוסלמים, והידועה בקו אוהד לחמאס ול"ארגוני התנגדות" אסלאמיים ברחבי העולם. התאחדות הרופאים הערבים גייסה ומגייסת כספים רבים כסיוע לממשלת חמאס ולעם הפלסטיני.
בכתב האישום, שקטעים ממנו צוטטו באל-חיאת (18 בדצמבר) נכתב, כי ג'מאל עבד אל-סלאם הקים חוליה בה היו חברים בין היתר עבד אל-עזיז מג'אהיד, דובר צעירי האחים המוסלמים באוניברסיטת חילוואן ומוחמד עאדל שאף. חברי החוליה נסעו לרצועת עזה, נפגשו עם מנהיגי חמאס, ובכללם מושיר אל-מצרי, עברו אימונים צבאיים וחזרו למצרים כדי לגייס סטודנטים שישלחו לעזה. עורכי הדין של העצורים הכחישו את הטענות נגדם.
במשפט אחר שנערך נגד בכירים באחים המוסלמים הוצגו מסמכים (אל-אהרם, 1 בספטמבר) המלמדים על הקשר בין האחים המוסלמים לחמאס. באחד המסמכים, שנתפסו בידי בכירים באחים המוסלמים, נכתב כי יש לסייע לחמאס באמצעות הקמת חוליות של האחים המוסלמים ברפיח המצרית, בעמק הירדן ובדרום לבנון, וכן בהחדרת מוג'אהידין לפלשתין בתיאום עם החמאס.
בראיון לעיתון "אל-מצרי אל-יום" (6 בפברואר), חשף גורם בכיר בהנהגת "האחים המוסלמים" כי הארגון העביר לחמאס כחצי מיליארד לירות מצריות (כ-90 מיליון דולר) מספר ימים לאחר פריצת גבול רפיח. חלק גדול מסכום זה, טען, יועד לרכישת נשק לביצוע פיגועים נגד ישראל. לדברי הבכיר, כספי תרומות אלה נאספו מאלפיים סניפים של האחים המוסלמים ב-26 אזורים והועברו לחמאס ככסף מזומן. בנוסף, ציוד, מזון ותרופות נמסרו לאנשי החמאס באל-עריש.
במהלך אינתיפאדת אל-אקצה הסתננו צעירים מצרים לרצועת עזה והשתתפו במאבק המזוין נגד ישראל. אחד מהם היה עבד אל-פתאח לי שהצטרף לג'יהאד האסלאמי והשתתף במספר פיגועי טרור נגד ישראל. הוא נהרג ע"י צה"ל בספטמבר 2002.