דו"ח מיוחד של מבקר המדינה, השופט בדימוס מיכה לינדנשטראוס, מגולל בדו"ח מיוחד את מחדלי הממשלה בהיערכות ליישובם של עקורי גוש קטיף וצפון השומרון, וקובע כי לא הייתה היערכות ראויה ומתחייבת ואף לא עבודות מטה ראויות לקראת ביצוע העקירה.
המבקר קובע כי בהיעדר עבודת מטה ראויה, החלופות שהציעה המינהלה לא התאימו לרצון רוב המפונים, והם העדיפו פתרונות אחרים ובכלל זה הקמת יישובים חדשים. עקב כך, קובע המבקר, הליך היישוב מחדש של חלק ניכר מהם התעכב ונמשך עד מועד סיכום הביקורת, כלומר כשלוש שנים וחצי. המבקר מעלה חשש כבד כי לנוכח המציאות הקיימת והכשלים הארגוניים יישובם מחדש של העקורים "עלול להימשך עוד שנים. יש חשש כי שהייתם הממושכת של מפונים במבנים זמניים תפגע בשיקום שלהם ושל קהילותיהם", כותב המבקר..
"פינוי אוכלוסייה ויישובה מחדש הוא מבצע מורכב, שכן נוסף על מתן פתרונות זמניים לאוכלוסייה המפונה חשוב למצוא בפרק זמן סביר דיור קבע, אם ביישובים ותיקים ואם בחדשים. מכיוון שמדובר בפתרון מערכתי משולב, בתחומי הדיור, החינוך, התעסוקה וחיי הקהילה, היה חשוב לדעת מראש מהו רצונם של המתפנים, שכן יש הבדל ניכר בעלות ובפרק הזמן הדרוש להסדרת דיור במסלול פרטני, שבו כל מתפנה מוצא לעצמו מקום מגורים, מקום עבודה ומסגרות חינוכיות לילדיו, לבין מתן פתרונות במסלול קבוצתי - דהיינו הסדרת דיור, תעסוקה וחינוך לקבוצות המשתלבות בקהילות וביישובים ותיקים", כותב המבקר הקובע כי "בשל מורכבות הסוגיות היה על גורמי השלטון העוסקים בהתנתקות לעשות עבודת מטה מעמיקה בשיתוף אנשי אקדמיה ואנשי מקצוע בתחומים שונים, אשר יסייעו בניתוח הסוגיות האמורות ובעיקר יסייעו לדעת מהו רצונם של מי שאמורים להתפנות ומהם הפתרונות הראויים".
עוד מציין המבקר כי "נדרש גם לאסוף מידע בדרכים עקיפות, שכן היה צפוי אי-שיתוף פעולה של התושבים".
לא היה דיון אופרטיבי בעבודות אלה, והבדיקות בנושאים האמורים לא הורחבו והושלמו.. (המבקר) 
המבקר מספר כי אכן "במסגרת עבודת המטה שקדמה לפינוי הוגש למועצה לביטחון לאומי דוח על האפשרות לקליטת המפונים באזורי עדיפות לאומית, ולמינהלה הוגשה טיוטה לדיון שעסקה במאפייני התושבים באזורים שיתפנו ובעמדותיהם והציעה קווי מדיניות להיערכות ליישובם בתחומי הקו הירוק. מהטיוטה לדיון עלה שיש להעדיף הקמת יישובים קהילתיים שיכללו בתי מגורים, מוסדות חינוך, מוסדות ציבור וכיו"ב, ויספקו למפונים מסגרת קהילתית, ולמקצתם גם תעסוקה. על אף ראשוניותה של הטיוטה לדיון היא עסקה במורכבות שאלת התעסוקה והפתרון הקהילתי. כל אלה דרשו דיון וקבלת החלטות וגם העמקת עבודת המטה, שכן נדרשו הרחבות והשלמות של חקר צורכיהם של המפונים ורצונותיהם".
לעומת זאת מעלה מבקר המדינה בבדיקתו כי "לא היה דיון אופרטיבי בעבודות אלה, והבדיקות בנושאים האמורים לא הורחבו והושלמו כפי שהציעו מחבריהם, והן לא שימשו לצורך קבלת החלטות ומתן מידע לממשלה".
בתשובתה למשרד מבקר המדינה טענה המינהלה כי היא הציגה למנכ"ל משרד ראש הממשלה ולראש הממשלה את הטיוטה לדיון ואת הקשיים. המבקר קובע כי בביקורת שביצעו אנשיו לא נמצאו אסמכתאות לכך: "לא נמצאו מסמכים המעידים כי נעשתה עבודת מטה מסודרת ומקיפה לפי הטיוטה, כי הנושא על כל מורכבותו הוצג למקבלי ההחלטות, וכי התקבלו החלטות וניתנו הנחיות בעניין זה; לא נעשתה אפוא עבודת מטה כהלכתה, הגורם נזק רב ועגמת נפש למפונים ומכביד על תקציב המדינה, וזאת יש לראות בחומרה".
בפרק המתייחס לסיוע המיוחד שאמור היה להגיע ליישובים שקלטו את העקורים כותב מבקר המדינה כי לא היו קריטריונים אחידים ומוסדרים לסיוע זה. בעוד סעיף 85(ד) לחוק ההתנתקות קובע כי ניתן לקבוע בהסכם, "כי ישולם ליישוב הקולט תשלום כמתחייב מהעתקת הפעילות או המגורים", הרי שנמצא כי המינהלה קבעה בכל הסכם סיוע שונה שכלל, בין היתר, שדרוג תשתיות, התחייבות לבנות מתקנים, מחיקת חובות, תשלומים, הסדרת שינוי מעמד היישוב - כל אלה ללא שמירה על עקרון השוויון בין מפונה למפונה ובין יישוב קולט למשנהו.
הביקורת העלתה כי המינהלת לא קבעה אמות מידה לקביעת הסיוע שיינתן ליישוב הקולט מפונים. "אמות מידה כאלה מתבקשות לפי כללי מינהל תקין, והצורך בהן גדֵל נוכח ההבדלים הרבים בין היישובים הקולטים ובין התנאים שהעמידו לקליטת מפונים".
עוד מגלה מבקר המדינה כי בחישוב העלות של הסכמי ההעתקה שגיבשה המינהלה עם קבוצות מפונים ועם יישובים קולטים ושהוצגו לצורך אישור ההסכמים, לא נכללו מרכיבים אחדים הכרוכים בהוצאה מתקציב המדינה. "עקב כך לא יכלה הוועדה המיוחדת לשקול את עלות הפיצוי המשוקללת לחבר בקבוצת המתיישבים לפי הסכם ההעתקה לעומת סכום הפיצוי הפרטני".
פרק מיוחד נוסף מקדיש המבקר לחשש לניגוד עניינים ועבודה פרטית ללא היתר במיזם השיקום והיישוב המחודש של העקורים. וכך כותב מבקר המדינה:
1. מנהל מרחב הצפון של המינהלה בעת ההתנתקות מר עמוס צוק פעל במסגרת תפקידו, בין היתר, בנוגע ליישובה של קבוצת משפחות מהיישוב חומש שבשומרון בקיבוץ יד חנה שבמרכז הארץ. הביקורת העלתה כי פעולותיו בעניין זה נעשו במצב ניגוד עניינים, מאחר שהוא היה בגדר נושה של הקיבוץ, ופעל בעניין הקיבוץ בלא שנעשה הסדר למניעת ניגוד העניינים.
2. באוגוסט 2004 הגיש מנהל המרחב בקשה לאישור לעבודה פרטית - בחברה שבבעלותו. נציבו
"בדצמבר 2008, שלוש שנים וארבעה חודשים לאחר מועד ההתנתקות, טרם היה דיור קבע ליותר מ-95% מהמשפחות שביקשו להצטרף למסלול הקבוצתי". ת שירות המדינה דחתה את הבקשה בינואר 2005 וקבעה כי על מנהל המרחב להפסיק את עבודתו בחברה שבבעלותו. אולם מנהל המרחב (שהיה העובד היחיד בחברה שבבעלותו) המשיך לעבוד במינהלה עד סוף אוקטובר אותה שנה ובה בעת היה בקשר עם שלושה מלקוחות החברה וסיפק להם שירותים.
בסכמו את ממצאיו כותב מבקר המדינה כי "בדצמבר 2008, שלוש שנים וארבעה חודשים לאחר מועד ההתנתקות, טרם היה דיור קבע ליותר מ-95% מהמשפחות שביקשו להצטרף למסלול הקבוצתי".
"הביקורת העלתה שעבודת המטה שעשתה המינהלה לקראת הפינוי הייתה חלקית ולא מעמיקה; היא לא תועדה כהלכה, ואם התקבלו בה החלטות - גם הן לא תועדו. גם לא נקבעו כללים ואמות מידה שוויוניים, ברורים ושקופים בדבר הסיוע שאפשר לתת ליישובים הקולטים מפונים. היעדר עבודת מטה סדורה וראויה הוא פגם מהותי, והוא גורם נזק רב ועגמת נפש למפונים ומכביד על תקציב המדינה".
לנוכח כל אלה ממליץ המבקר לממשלה "להורות על קביעת קווים מנחים אשר יחייבו כל גורם שלטוני לעשות עבודת מטה סדורה ומתועדת קודם לקבלת החלטות, ועל אחת כמה וכמה החלטות כבדות משקל ורגישות".