בביירות נרצח הבוקר אלי חובייקה, שהיה מפקד הפלנגות הנוצריות ושר בממשלת ביירות. הוא נהרג בהתפוצץ מכוניתו ליד ביתו ובהתפוצצות נהרגו גם ארבעה מאבטחיו. חובייקה, מהאנשים החזקים והשנואים בלבנון פיקד על הטבח בסברה ושתילה ב-82\' .

בסוף מלחמת האזרחים בלבנון, העניקה לבנון חנינה לכל הגורמים שהיו מעורבים בלחימה, ביניהם לחובייקה, נוצרי מרוני. בנובמבר 1992 מונה לשר והתקרב למימשל בדמשק, הוא נחשב לאיש אמונו של שלטון הכיבוש הסורי בלבנון.

עוד בטרם יבש דמו של חבייקה הזדרזו גורמים רבים להאשים את רה\"מ שרון, ואת ישראל בהריגתו. נשיא לבנון, אמיל לחוד, האשים את ישראל כי חיסלה את אלי חוביקה \"במטרה להסיט את תשומת הלב העולמית מפשעיה של ישראל נגד הפלשתינים\". גם נציג אש\"ף בלבנון סולטן אבו אל-עיניין האשים את ישראל בהריגת חובייקה כדי למנוע ממנו לטענתו להעיד בבית הדין הבלגי נגד רה\"מ. ה\"וושינגטון פוסט\" \"דיווח\" כי חובייקה ש\"המיליציה הפרו ישראלית\" שלו \"טבחה מאות פלשתיניים בסברה ושתילה\", נהרג מהתפוצצות פצצה. את הריגתו של חבייקה מייחס העתון לישראל בציינו כי הוא נהרג יום אחרי שהביע את הסכמתו לבקשת סנטור בלגי להעיד במשפט שרון. במאמר מובאת גם חוות דעתו \"המקצועית\" של נסרי לאחוד, קצין בית הדין הצבאי בלבנון, שקבע לאחר \"בדיקה\" בזירת הפיצוץ, כי \"ישראל אחראית לכך\".

ד\"ר מוטי קידר מזרחן במרכז בגין-סאדאת למחקרים אסטרטגיים באוניברסיטת בר אילן, אמר כי אלי חבייקה, מראשי הפלאנגות שביצעו את הטבח ושתילה, היה פגע רע ומהדמויות השנואות ביותר בחוגים הפוליטיים והכלכליים בלבנון. \"כל אדם שני בלבנון היה מעוניין לחסלו\", אמר. לדבריו \"זו טיפשות לאמר שישראל עומדת מאחורי החיסול\". \"החקירה בבלגיה היתה מובילה לכך שחבייקה היה מודה שביצע את הטבח, משום שישנם עדים וראיות. בבית המשפט בבלגיה היה נחשף בהכרח חלקו של חבייקה והוא היה מנקה את שרון. היום מציגים את שרון בעולם כמי שביצע את הטבח ומקשרים את הטבח עם שרון. אך אסור לשכוח שבין שרון ובין הטבח עמד חבייקה\", אמר.

עוד אמר קידר כי \"למעשה, כמעט לכל אחד היה עניין לחסלו בלבנון\". \"הוא היה מעורב ברצח אנשים רבים ואפשר שקרובי משפחה של הנרצחים הם שחיסלו אותו בנקמה. הוא היה שנוא בתוך העדה הנוצרית-מארונית שלא לדבר על השיעים, הדרוזים והמוסלמים שגם להם היה אינטרס לחסלו. הוא לא היה חביב הציבור בלבנון, בלשון המעטה\", אמר.

קידר הוסיף כי חבייקה פושע מהסוג השפל ביותר שלא בחל בשום אמצעי להשיג את מטרותיו. השתתף באופן פעיל ברצח סברה ושתילה וסלל את דרכו לצמרת הפוליטית והכלכלית של לבנון, תוך חיסול יריביו ומעורבות במעשי שחיתות בקנה מידה גדול.

הערב פרסם ארגון לבנוני המתנגד לנוכחות הסורית בלבנון כי הוא האחראי לחיסולו של חוביקה. בהודעה שהגיעה למשרדי סוכנות הידיעות \"רויטרס\" בקפריסין נאמר כי פעיל מטעם הארגון ביצע את המעשה \"כנקמה על מעשה הבגידה של חוביקה, אשר הפך אשתקד לתומך בהישארות הכוחות הסורים בלבנון\".

ישראל הודיעה כי היא דוחה בשאט נפש את ההאשמות נגדה בעניין מעורבותה בחיסולו של אלי חוביקה, ממנהיגי העדה הנוצרית בלבנון. כך אמר גדעון מאיר, סמנכ\"ל תקשורת והסברה במשרד החוץ. לדבריו, \"מדובר שוב בעלילת דם מבית היוצר של שונאי ישראל\".