מכון צומת ואבות בתי דין לגיור עתרו לבג"ץ נגד מינהל הגיור. לטענת העותרים, מינתה הממשלה, ללא דיון ממשי, דייניים חדשים ו"מקורבים" במחטף, בעיצומה של המלחמה בעזה ובמהלך מערכת הבחירות, בניגוד להנחיות היועץ המשפטי לממשלה ובניגוד לפסיקת בג"ץ. העתירה הוגשה באמצעות עורכי הדין ישעיהו אברהם ומשה בן דוד ממשרד בן דוד, אברהם, הכהן.
בעתירה מבקשים עורכי הדין אברהם ובן דוד, באי כוחם של העותרים, להורות על ביטול מינויים של דיינים חדשים לבתי הדין המיוחדים לגיור. כן מתבקש בג"ץ להורות למדינה לחתום לאלתר על תעודות ההמרה של אלפי מתגיירים וכן להתנות את יישום ההחלטה למנות דיינים חדשים בתוספת תקציב ותקנים, תוך התחייבות להימנע מפגיעה בתנאי עבודתם של הדיינים המכהנים.
במסגרת העתירה נטען כי מינויים של 10 דיינים חדשים בישיבת ממשלה מיום ה-1.1.09, נעשה מתוך מצג שווא לייעל הטיפול במועמדים לגיור, אולם בפועל לא הוקצו תקנים לדיינים החדשים. בפועל המשמעות המעשית של החלטת הממשלה אינה אלא העברת הטיפול בחלק מהמועמדים לגיור מהדיינים המכהנים בתפקיד לידי הדיינים החדשים.
לטענתם, אילו אכן היה צורך אמיתי בהאצת הטיפול במועמדים לגיור ובהקלת העומס על מערך הגיור, ניתן היה לפתור זאת בנקל על ידי הגדלת היקף התיקים המועברים לדיינים הותיקים שהועסקו עד היום בהיקף עבודה מצומצם. בעתירה מובא ריכוז נתונים שנעשה על ידי הרב ישראל רוזן ב-2007 לפיו בסך הכל נקבעו לכל 24 הדיינים יחדיו 109 ימי עבודה בחודש, שהם בממוצע כ-4 ימי דיונים בחודש בלבד לכל דיין.
לטענת העותרים, יש ככל הנראה לגורמים שונים אינטרס בהשגת תקנים ומשרות לאנשים שהם חפצים ביקרם, שכן מעולם לא הוכח שבתי הדין לגיור נוקטים פעולות סחבת בהליכי הגיור.
עוד נטען בעתירה כי נציב שירות המדינה עצמו הודה בכתב ובראיון רדיו כי מינוי הדיינים החדשים נעשה תוך "הולכתו שולל" בדבר הצורך במינוי, ועל בסיס נתונים שלכאורה אינם אמתיים, ונמסרו לממשלה ולנציבות שירות המדינה ושימשו בסיס להחלטתם. הנציב עצמו התבטא ברבים כי מינוי הדיינים החדשים הוא "לא חוקי, לא מוסרי ולא יעמוד באף מבחן משפטי".
כמו כן מביעים העותרים תמיהה על כך שבעוד בית המשפט העליון דחה עתירה למנות שופטים בעת בחירות, הממשלה בכל זאת בוחרת למנות דיינים לבית הדין לגיור.