על פי הדיווח בן אליעזר חשוד בפשעים נגד האנושות, מאחר שאישר את התקיפה.
כזכור בחודש יולי 2002 שיגר מטוס חיל האוויר פצצה לעבר בית מגורים בעזה בו התגורר המחבל שחאדה שדם יהודים רב על ידיו. כתוצאה מהפעולה נהרגו שחאדה ו-14 אזרחים נוספים, בהם בתו ואשתו, ונוספים נפצעו.
שחאדה הוגדר כמפקד הזרוע הצבאית של החמאס והיה גם ממייסדי ומקימי הזרוע הצבאית הזו של החמאס. בצה"ל הגדירו אותו כמבוקש מספר אחת.
הוא היה אחראי להרצחם של עשרות יהודים במאות פיגועים ופעולות טרור שהיו ברצועת עזה ביניהן ההתקפה על מוצב "אפריקה" ורצח חמשת תלמידי המכינה בעצמונה. הוא גם היה האיש מאחורי ירי פצצות המרגמה לעבר ישובים ישראליים בחבל קטיף ובמעטפת רצועת עזה.
נציין כי בעבר הוגשו תביעות ותלונות נגד בכירים ישראלים במדינות נוספות בעולם, בעקבות חיסול שחאדה. במאי 2007 דחה בית משפט פדרלי בארה"ב על הסף, תביעה שהגיש ארגון זכויות אדם נגד השר לביטחון פנים, אבי דיכטר, בטענה כי היה מעורב ב"פשע מלחמה". בנובמבר 2005 נחלץ הרמטכ"ל לשעבר, משה (בוגי) יעלון, ממעצר במהלך ביקור בניו זילנד, כאשר ברגע האחרון בוטל צו שהאשים אותו בפשעי מלחמה, בהתערבות משרד המשפטים המקומי.