משרד המשפטים הגיש תביעת ענק בסך 79,575,213 ₪ נגד חברת נס טכנולוגיות בע"מ, בגין הפרות חוזרות ונשנות של הסכם לפיתוח מערכת מידע עבור הפרקליטות.
ממשרד המשפטים נמסר כי כתב התביעה החמור מגובה בשתי חוות דעת מומחים הקובעות כי "נס כשלה בניהול הפרויקט כמעט בכל אספקט של ניהול פרויקט תוכנה ובין היתר בתחומים הבאים: ניהול הזמן, ניהול האיכות, ניהול כ"א ומשאבים, ניהול התקשורת וניהול תכולת הפרויקט".
עוד קובעים המומחים כי "החברה התנהלה בפרויקט בחוסר תום לב, או לכל הפחות ברשלנות חמורה ולאורך כל הדרך הסתייגה מדרישות הלקוח עליהן התחייבה בתחילת ההתקשרות, וניסתה להרחיב את סך התמורה בטענות של חריגות מתכולה".
עו"ד משה שילה, מנכ"ל משרד המשפטים מסר כי "ההחלטה על הגשת התביעה, לוותה במתן הזדמנות נוספת מטעם המשרד לחברת נס, אשר לבקשתה הציעה להציג למשרד הסדר פשרה חלופי אשר ייתר את הצורך בתביעה משפטית. לאחר שהמשרד החליט לא לקבל את הצעת הפשרה של נס, משום שזו לא עמדה בדרישות המשרד, נקטה שוב החברה בתכסיסנות. מנכ"ל החברה, אפי קוטק, ביקש ממשרד המשפטים לערוך פגישה בין מנכ"ל המשרד, משה שילה, לבין יו"ר הדירקטוריון של נס, אהרון פוגל, ולצורך כך ביקש לדחות את הגשת התביעה ע"י משרד המשפטים. בקשה זו הייתה למעשה תרגיל, אשר נועד למנוע מן המשרד להגיש את תביעתו, ולהקדים ולהגיש תביעה ראשונה בשם חברת נס, תביעה שהיא כל כולה לצרכי דימוי של איזון בתקשורת, ואין בה ממש".
בחודש נובמבר 2005 התקשר משרד המשפטים עם חברת נס טכנולוגיות כדי שתבצע עבורו פרויקט של פיתוח מערכת מידע עבור הפרקליטות. משרד המשפטים בחר להתקשר עם חברת נס לאחר תהליך ארוך של ניתוח דרישות והכנת מסמך "אפיון על" ברמת פירוט מאד גבוהה. מסמך אפיון העל נכתב באופן שאפשר שימוש בו לשם פנייה לספקים לקבלת הצעות להקמת המערכת, במסגרת מכרז או באופן אחר.
בפני המשרד עמדו למעשה שתי חלופות עיקריות: האחת – פרסום מכרז המבוסס על מסמכי האפיון, שיאפשר לכל גורם מעוניין ומתאים להגיש את הצעתו לאספקת המערכת. השנייה - לפנות אל חברת נס טכנולוגיות, ולבקש את הצעתה לאספקת המערכת בפטור ממכרז, משום שחברת נס טכנולוגיות, היא שפיתחה ותחזקה עבור הנהלת בתי המשפט מערכת לניהול ידע במערכת בתי המשפט (מערכת "בתי משפט הדור הבא", ובקיצור - "במ"ה"). הנחת העבודה של הצוות המקצועי מטעם המשרד הייתה כי ישנה אפשרות סבירה, שהנתבעת תיהנה מיתרון מובנה על פני כל גורם אחר, הן מכח היכרותה עם חלק ניכר מן המושגים, התהליכים וסוגי המסמכים הקיימים בפרקליטות, והן משום שבמערכת במ"ה ישנם רכיבים שיכולים היו לשמש פלטפורמה לפיתוח חלקים משמעותיים במערכת הנדרשת לפרקליטות וכך גם בנוסף, יחסכו משאבים רבים עבור המדינה ע"י שימוש בתוצרים שפותחו כבר במקור עבורה.
במשרד המשפטים מסבירים כי במסגרת המו"מ בין הצדדים, חברת נס טכנולוגיות, נדרשה לערוך תהליך של "ניתוח פערים" Gap Analysis בין מסמך אפיון העל שהועבר לה קרי – בין צרכי המערכת הנדרשת ומאפייניה, ובין יכולות ופונקציונאליות מערכת במ"ה.
מנכ"ל משרד המשפטים עו"ד משה שילה, מסביר כי "לחברת נס הובהר היטב כי למרות שההנחה היא שמרכיבים משמעותיים ממערכת במ"ה יוכלו לשמש פלטפורמה לפיתוח המערכת החדשה, ישנם פערים משמעותיים בין שתי המערכות. ועל כן אין המדובר באספקת מערכת במ"ה בשינויים קלים, אלא במערכת חדשה ושונה, שהפערים בינה ובין מערכת במ"ה יוגדרו במדויק – ע"י חברת נס עצמה".
לדבריו, חברת נס אכן ערכה מסמך ניתוח פערים משל עצמה, ומסמך זה הפך מאוחר יותר לחלק מן החוזה שנכרת בין הצדדים.
ביום 13 בנובמבר 2005 נחתם הסכם בין חברת נס לבין מדינת ישראל (באמצעות משרד המשפטים), במשרד המשפטים טוענים כי למעשה החל מאותו היום, הפרה חברת נס הפרות חוזרות ונשנות את מחויבויותיה במסגרת ההסכם אל מול המשרד. כך בין היתר, היא הקצתה לפרויקט כח אדם בלתי מספיק בכמותו ובאיכותו, הפיקה תוצרים ירודים באיכותם בכל שלבי הפרויקט, חרגה פעם אחר פעם מלוחות הזמנים המוסכמים ולבסוף אף הפסיקה באופן חד-צדדי את עבודתה בפרויקט.
עו"ד אודי נסימיאן, מנהל אגף מערכות מידע במשרד המשפטים מוסר כי "נס כשלה בניהול הפרויקט על כל היבטיו דבר שהקרין וגרר את האיכות הירודה של תהליך האפיון, הדחייה הגדולה בלוחות הזמנים, משבר האמון עם הלקוח ולבסוף עצירת הפרויקט. מנהלת הפרויקט מטעם נס לא ניהלה תהליך משותף לפתרון בעיות וחילוקי דעות דבר שהתפתח למשברים. מנהלת הפרויקט הייתה חייבת לנהל את המהלכים לסגירת פערים בהבנה, ובשקיפות מלאה. "
עוד מסר עו"ד נסימיאן כי משרד המשפטים, עשה כמיטב יכולתו לקיים את הפרויקט, בשל החשיבות העליונה שראה בקבלת מערכת ניהול המידע האמורה. לאחר מתן מספר רב של "הזדמנויות" בהן ניסה המשרד להביא את חברת נס לפתור בעיות בהתנהלותה מולו, בשלב מסוים המשרד אף הסכים להגדיר מחדש את ההתקשרות בין הצדדים, תוך הגדרת מועדים חדשים לביצוע משימותיה של חברת נס, ואף תוך מתן תוספת תשלום לחברת נס, אך ללא הועיל – חברת נס פשוט לא עמדה בהתחייבויותיה גם זו הפעם.
בלית ברירה, נאלץ המשרד לבטל את החוזה, והינו תובע בזאת מחברת נס את נזקיו.