לצורך הוכחת חפותה הודיע הסניגור עו"ד יורם שפטל כי ברצונו לחקור את יונתן בשיא זאת כדי להוכיח באמצעות תשובותיו של בשיא, בחקירה הנגדית, כי יש מקום לבטל את כתב האישום בגין "הגנה מן הצדק".
התובע עו"ד ארז פדן בקש מבית המשפט להרשיע את נדיה מטר על יסוד הודאתה בעובדות כתב האישום ובית המשפט דחה את בקשתו, לאור הצהרת הסניגור כי בדעתו כאמור לחקור את יונתן בשיא. עוד הודיע עו"ד יורם שפטל כי בדעתו, במסגרת ראיות ההגנה, לזמן את מנחם מזוז, היועץ המשפטי, למסור עדות בבית המשפט, כמו גם את פרקליט המדינה לשעבר, ערן שנדר, שגם כן יתבקש למסור עדות בבית המשפט.
בית המשפט דחה את בקשתו של התובע להרשיע את נדיה מטר והורה על התייצבותו של יונתן בשיא לשם מסירת עדותו, בבית המשפט בדיון הבא שייערך בכ"ד סיון, 16/6/09 בשעה 13:00.
בית המשפט המחוזי בירושלים הפך לפני שנה וחצי החלטת בית משפט השלום, אשר מחק כתב אישום נגד יו"ר נשים בירוק, נדיה מטר. מטר הואשמה כי בתקופת ההינתקות, שיגרה מכתב עם ביטויים מעליבים למי שהיה אז ראש מנהלת סל"ע, יונתן בשיא.
במכתבה לבשיא כתבה מטר: "האמת היא שאתה גרסה מודרנית של היודנראט - בעצם גרסה הרבה יותר נוראה, כי אז בשואה, הדבר נכפה על אותם מנהיגים יהודים על-ידי הנאצים ומאד קשה לנו היום לשפוט אותם. היום אין אחד שעומד עם אקדח ליד רקתך ומכריח אותך לשתף פעולה עם הדפורמאציה של יהודי גוש קטיף וצפון השומרון".
שופט בית משפט השלום, דוד מינץ, קיבל את טענות בא-כוחה של מטר, עו"ד יורם שפטל, כי יש למחוק את כתב האישום מטעמי הגנה מן הצדק. המדינה ערערה על ההחלטה, וכאמור, בית המשפט המחוזי הפך את ההחלטה וקבע כי הפרקליטות תגיש נגדה כתב אישום חדש על העלבת עובד ציבור.