בישראל דוחים את דו"ח אמנסטי וטוענים כי מעיון ראשוני בדו"ח עולה כי מדובר בתיאור מגמתי של המציאות, שאינו מקפיד להישען על קריטריונים מקצועיים ואובייקטיביים.
"הדו"ח מתעלם מהעובדה הבסיסית שהחמאס הוא ארגון טרור, המוכר ככזה ע"י האחוד האירופי, ארה"ב ומדינות נוספות. הארגון מסרב בשיטתיות להכיר בישראל ובכל אפשרות לשלום עמה ושואף באופן מוצהר להשמידה", נכתב.
"אין במסמך של אמנסטי כל אזכור לשימוש המכוון של החמאס באזרחים כמגן אנושי: בסיסי החמאס, מחסני הנשק שלו ושטחי הלחימה שלו מצויים כולם במרכזי אוכלוסיה אזרחית פלסטינית, עובדה שנועדה להביא לפגיעה באוכלוסיה זו בעת לחימה. החמאס משתמש באופן גלוי ומאורגן בנשים וילדים כדי להגן על יעדים צבאיים וממלכד בתי מגורים ומבני ציבור. הדו"ח אמנם מזכיר את הירי המכוון של החמאס כנגד אזרחים ישראלים אך מתעלם ממימדיו: כעשרת אלפים רקטות ופצצות מרגמה בשמונה השנים האחרונות", כתבו במשרד החוץ.
עוד נכתב בתגובת משרד החוץ כי החימוש שבו השתמש צה"ל תואם את החוק הבינ"ל ואת השימוש שעושים בו הצבאות המערביים.
צה"ל מעולם לא פגע במתכוון באזרחים והתיאורים המופיעים בדו"ח הנם מפי עדים בעלי עניין, תחת השפעה של החמאס, כפי שעולה מתחקירים עצמאיים רבים בעיתונות הבינ"ל. רצועת עזה נשלטת ע"י החמאס, שמפעיל טרור נגד אזרחיו שלו, ולפיכך עדויותיהם אינן מהימנות.
הקהילה הבינ"ל קיבלה את העובדה שהעימות הצבאי הוא באשמתו הבלעדית של החמאס, אך דו"ח אמנסטי מוקדש כמעט כולו לביקורת על ישראל.
עוד מציינים במשרד החוץ כי השוואת אספקת הנשק לישראל ולחמאס אינה במקומה. ישראל היא מדינה ריבונית המחוייבת להשתמש בכוח כדי להגן על אזרחיה בעוד החמאס הינו ארגון טרור. האםע ניתן להשוות בין כלי הנשק שבידי אל-קאעדה לאלה שבידי צבאות נאטו? אמנסטי מתיימר לקבוע אילו גורמים השתתפו בלחימה. אין לארגון לא הכלים ולא היכולת לקבוע זאת.
במשרד החוץ מוסיפים כי אמנסטי נמנע מלציין, שהחמאס נתמך ע"י גורמים קיצוניים זרים נגד ממשלתה החוקית של הרש"פ. למושג "מידתיות" יש משמעות מוגדרת בחוק הבינ"ל, ואילו אמנסטי עושה שימוש מוטעה ומטעה במונח זה.