מבקר המדינה, השופט בדימוס מיכה לינדנשטראוס, מבקר בחריפות את תנאי השכר וההעסקה באוניברסיטאות. בדו"ח המתפרסם היום הוא מציין כי זה מכבר נערכו ביקורות בתחום זה והמסקנות היו בעייתיות. "ביקורת אחרונה בעניין זה נעשתה בשנים 1996-1997, ותוצאותיה פורסמו בשנת 1999. בביקורות בעניין זה הועלה כי האוניברסיטאות העניקו לעובדיהן במשך שנים רבות תנאי שכר ופרישה מועדפים, כגון תוספות שכר שונות המגדילות את השכר בשיעור ניכר והחלת תנאי שכר של חברי הסגל האקדמי על עובדים מינהליים בכירים".
המבקר מזכיר כי "רוב ההטבות הללו לא אושרו על ידי משרד האוצר, ועל כן לא הובאו בחשבון בעת קביעת הסכום המעודכן שהקציבה הממשלה לאוניברסיטאות. מכיוון שכך, לאחר ששילמו האוניברסיטאות לעובדיהן את תוספות השכר הלא מאושרות, נותרו בידיהן סכומים קטנים יותר שבהם יכלו להשתמש למילוי ייעודן העיקרי - הוראה אקדמית ומחקר".
את האחריות להתנהלות זו מטיל המבקר על הנהלות האוניברסיטאות וכן על הוועדה לתכנון ולתקצוב של המועצה להשכלה גבוהה (ות"ת). לדבריו "חלק מתנאי השכר והפרישה המועדפים ניתנו לאחר שנת 1988 בלי שהממונה על השכר אישר אותם, ולכן מדובר בתנאי שכר ופרישה חריגים. הועלה כי הממונים לדורותיהם לא פעלו למנוע תופעה זו, וגם ות"ת, האחראית לתקצוב האוניברסיטאות, לא נקטה צעדים מספיקים למניעת ההטבות החריגות. יוצא אפוא שהאוניברסיטאות פעלו באופן עצמאי והנהלותיהן קיבלו החלטות בעניין השכר בלא בקרה מספקת".
במהלך השנים 2006-2007 בחן מבקר המדינה את התנהלות האוניברסיטאות בסוגיה זו וביקש לוודא שאכן תוקנו הליקויים. מסקנותיו מטרידות:
"משרד מבקר המדינה כבר התריע כמה פעמים על תנאי שכר, פנסיה ופרישה מועדפים שנתנו האוניברסיטאות לעובדיהן בלא אישור הממונה או ות"ת, ועל שהממונה וות"ת לא פעלו למנוע חריגות אלה ולא פיקחו על מתן תנאי השכר, הפנסיה והפרישה באוניברסיטאות. למרות זאת, בביקורת הנוכחית נמצא כי עניין זה לא הוסדר".
המבקר מטיח בהנהלות האוניברסיטאות אשמה לפיה הן פועלות כדי למנוע איתור פתרונות למצוקה הכלכלית בה הן נמצאות בשל ליקויים אלה. "האוניברסיטאות מסרבות להכיר בחלות חוק יסודות התקציב עליהן ואינן מאפשרות לממונה לפקח עליהן. באמצעות ועד ראשי האוניברסיטאות הן עושות מאמצים רבים, תוך כדי שימוש גורף בעקרון החופש האקדמי, כדי לסכל כל ניסיון של הממונה למצוא פתרון ולהחיל עליהן פיקוח אמִתי ויעיל. מצב זה חייב להיפסק לאלתר", קובע המבקר.
וביקורתו של המבקר אינה נעצרת בהנהלת האוניברסיטאות אלא ממשיכה למשרד האוצר שלדבריו אנשיו "לא פעלו בנמרצות ולא השתמשו בכל האמצעים שעמדו לרשותם - שלא כפי שהם נוהגים לגבי מגזרים אחרים - כדי להסדיר את הפיקוח על האוניברסיטאות ולטפל בחריגות השכר הניכרות של עובדיהן, הידועות להם זה שנים".
לדבריו הוועדה לתכנון ולתקצוב של המועצה להשכלה גבוהה "מפקחת על תנאי השכר באוניברסיטאות פיקוח כללי בלבד, וגם הוא מבוצע באופן חלקי ולא מספק. הפעולות שנקטה בנושא לא תמיד עלו בקנה אחד עם התפקידים שהטילה עליה הממשלה ועם האינטרס של המדינה".
לנוכח כל אלה קורא המבקר לכל הנוגעים בדבר - משרד האוצר, ות"ת, האוניברסיטאות וור"ה לפעול "לאלתר להסדרת הפיקוח על השכר".
"על משרד האוצר ועל ות"ת לפעול בנחישות ובדחיפות ולנקוט את כל האמצעים העומדים לרשותם להשגת מטרה זו, ובכלל זה לשקול התניית מתן התקציבים לאוניברסיטאות בהסרת התנגדותן לפיקוח של הממונה. במידת הצורך יש להביא להכרעה משפטית את הסוגיה העקרונית בדבר סמכות הממונה לפקח על האוניברסיטאות או ליזום בהקדם תיקון חקיקה שיבהיר למען הסר ספק שהמוסדות להשכלה גבוהה כפופים להוראות חוק יסודות התקציב כלשונן", קובע לינדנשטראוס ומוסיף כי "מן הראוי שוור"ה יפנים את האחריות הציבורית שמוטלת עליו ועל חבריו - ראשי האוניברסיטאות - לנהל את האוניברסיטאות באופן יעיל ותקין, יסדיר כראוי את תנאי השכר הנהוגים בהן בלי לאפשר חריגות ויחדול ממאמציו לסכל את הניסיונות של הממונה לקיים בעניין זה פיקוח כדין".