בתגובה לדו"ח מבקר המדינה על מערכת ההשכלה הגבוהה שפורסם היום אומרים בועד ראשי האוניברסיטאות (ור"ה) כי יבחנו בקפדנות את הדו"ח על היבטיו השונים ויפעלו בהקדם ובנחישות בכל הטעון תיקון.
על טענות המבקר כי אינם שיתפו פעולה עם הביקורת הם אומרים, "נשיאי האוניברסיטאות שיתפו פעולה עם מוסד המבקר ומסרו לידיו את כל החומר שנדרש היה לביצוע הביקורת - מכאן שהופתעו מהתייחסותו והם אינם מקבלים את טענתו בדבר היעדר שיתוף פעולה מכל סוג שהוא".
על סוגיית הפנסיה באוניברסיטאות המחקר אמרו כי היא מורכבת וארוכת שנים ופתרונה מחייב את התגייסותם המקצועית של גורמים רבים. "ראשי האוניברסיטאות מתכוונים לפעול במשותף עם ות"ת ומשרד האוצר במטרה למצוא פתרון ארוך טווח לסוגיה חשובה זו", ציינו.
באשר לכפיפות לממונה על השכר הסבירו בור"הכי קיימת פרשנות שונה באוניברסיטאות באשר למשמעות החקיקה בנושא זה, "חשוב להדגיש כי מזה שנים רבות מושתתים הסכמי השכר באוניברסיטאות על הסכמות עם הממונה על השכר".
עוד טוענים בור"ה כי נתוני השכר באוניברסיטאות מדווחים בשקיפות מלאה מדי שנה לגופים המפקחים עליהם מטעם המדינה. באשר להחלת חוק חובת המכרזים אמרו כי החוק הוחל לאחרונה על האוניברסיטאות והן תפעלנה לפיו לאחר התקנת התקנות המתאימות. הערות המבקר המתייחסות לקרן לקשרי מדע בינלאומיים יבחנו לעומקן ויתוקנו בהתאם.
פרופ' יצחק אפלויג, היו"ר הנכנס של ועד ראשי האוניברסיטאות (ור"ה), ציין כי הבעיה החמורה והמיידית בה מתמודדות אוניברסיטאות המחקר כיום הינה המשבר התקציבי הקשה בו הן נתונות -זאת עקב קיצוצי תקציב נרחבים שבצעה המדינה בתקציביהן בשנים האחרונות - משבר ההולך ומעמיק על רקע המשבר הכלכלי הגלובלי.
"אני קורא לממשלת ישראל הנכנסת" אמר אפלויג "לפעול בהקדם למימוש מסקנות ועדת שוחט - שקראה לממשלה כבר לפני כשנתיים לפעול בדחיפות כדי להציל את מערכת ההשכלה הגבוהה מקריסה".