במוסד נערכים כינוסים תורניים, מוענקים פרסים לספרות תורנית, ומתקיימת פעילות ענפה במסגרת ה"מכון להוצאת ראשונים ואחרונים" לההדרת כתבי יד של קדמונים, עריכתם והוצאתם לאור. מבין כותלי המוסד הופיעו עד היום למעלה מ- 2000 כותרים בכל תחומי היהדות: תנ"ך ומפרשיו, גאונים, הראשונים והאחרונים על הש"ס, שו"ת, קבלה ותפילה, מנהג והיסטוריה, הגות ומחשבה, תולדות החסידות, אנציקלופדיות וספרי עזר.
בין המפעלים הגדולים של מוסד הרב קוק הופיעו היצירות החשובות:
תורת חיים חמשה חומשי תורה חידושי הריטב"א, הרשב"א, הר"ן, שיטה מקובצת ותוספות הראש על מסכתות הש"ס כל פרשני התורה: רמב"ן, אבן עזרא, ספורנו, חזקוני ורבינו בחיי."מוסד הרב קוק" מוציא לאור מדי שנה 30 ספרים איכותיים חדשים וכן מחדש ספרים חשובים שאזלו מהמדף. בין היצירות החשובות שהופיעו לאחרונה:
חמשה חומשי תורה עם פירוש "אור החיים" הערוך והמבואר
תוספות הרא"ש על מסכת שבועות (כרך עשירי בסדרה)
שיטה מקובצת על מסכת כתובות כרך ד'
הגדה של פסח עם פירושי וליקוטי הגר"א
הגדה של פסח עם ליקוט נפלא של אוסף רחב ועמוק מתורתם של עשרות מגאוני ליטא לדורותיהם וסידורם על סדר ההגדה החל מתלמידי הגר"א ועד הדור האחרון.
שיעורי ראשי ישיבות ליטא – שיעורים חדשים על מסכתות מסדר נשים ונזיקין שנאמרו ע"י גדולי ראשי ישיבות ליטא
מסילת ישרים עם ביאורים ישרים
מסילת ישרים עם פירוש מסילות יהודה
תורת החסידות – כרך ב'
תולדות, דברי תורה והגות של 1600 אישי החסידות - השלמת היצירה הספרותית הענקית בה מרוכזים ומתומצתים תולדותיהם ודברי תורתם של גדולי אישי החסידות מסודרים לפי שושלות מהבעש"ט ועד דורינו.
בין הספרים החשובים שהופיעו לאחרונה מחדש לאחר שאזלו שנים רבות מן המדפים:
שו"ת אבני קודש – שו"ת וחידושים בש"ס והפוסקים מתוך כתב ידו של הגאון רבי נחום לעווי אב"ד שאדיק, ומצורף חידושים מבנו הגאון רבי שלמה זלמן בהר"ן שהיה דיין ומו"ץ בירושלים.
שיעורי רבי שמעון שקאפ על מסכתות מסדר נשים נזיקין
הכוזרי השני – מטה דן
תולדותיהם ושיטתם של הרמב"ן, הרא"ש, רש"י, החת"ם סופר, הראי"ה
"מוסד הרב קוק" מוזיל כל שנה את מחירי הספרים שבהוצאתו, וביריד הספרים השנתי המתקיים מיד לאחר חג הפסח, ניתנת הזדמנות לציבור לרכוש את הספרים במחירים השווים לכל נפש, וזאת על מנת לאפשר לציבור בני התורה לרכוש את מיטב הספרים הנצרכים להם במחירים זולים במיוחד שיהיה בידיהם לעמוד בכך.
הנהלת מוסד הרב קוק מקפידה לערוך את המכירה השנתית בבין הזמנים של חודש ניסן בכדי שלא להפריע לציבור לומדי התורה לבטל מלימודם ולכן בחרה בתקופה זו בשונה משבוע הספר הכללי. השנה –חידוש מיוחד. הנהלת מוסד הרב קוק נענתה לפניות הרבות של תושבי בני-ברק ואיזור המרכז והחליטה בשיתוף עם הוצאת ספרים פלדהיים לקיים לראשונה את יריד הספרים של מוסד הרב קוק בו זמנית גם בעיר בני-ברק במחירי היריד שבירושלים. לצורך היריד בבני-ברק הוצאת פלדהיים העמידה לשרות הציבור את חנות הספרים החדשה והמרווחת של רשת חנויות פלדהיים ברחוב הרב כהנמן (השומר) 18 פינת רח' השלושה.