ההסתדרות הרפואית עתרה הבוקר (א') לבג"ץ נגד ראש הממשלה, היועץ המשפטי לממשלה, סיעת הליכוד, יהדות התורה והממשלה. בעתירתה מבקשת הר"י כי בג"ץ יורה לראש הממשלה לנמק מדוע לא יפעל לאלתר למינוי שר בריאות במשרה מלאה, וכי יורה ליועמ"ש לממשלה לנמק מדוע לא ינחה לאלתר את ראש הממשלה למנות שר בריאות במשרה מליאה.
שופטת בית המשפט העליון, מרים נאור החליטה הבוקר כי בג"ץ ידון עד לסוף החודש בעתירה של ההסתדרות הרפואית. בנוסף החליטה כי בשלב זה לא יוצא צו ביניים בנושא.
כמו כן, הר"י מבקשת מבג"ץ להורות לראש הממשלה, לסיעת הליכוד וליהדות התורה לנמק מדוע לא ישונה או/יבוטל ההסכם הקואליציוני ביניהן כך שבמקום אי מינוי שר בריאות, ימונה לאלתר שר בריאות במשרה מלאה.
העתירה הוגשה בשם כל בעלי המקצועות ובעלי התפקידים המועסקים במערכת הבריאות - וכן כל החולים, אשר חתמו גם על מנשר לראש הממשלה, בכינוס החירום שהר"י ערכה ביום ו'.
הר"י טוענת כי ההחלטה לא למנות שר בריאות –אינה חוקית, אינה תקינה ובלתי סבירה נוכח השלכותיה ההרסניות על מערכת הבריאות ומתן שירותי רפואה לציבור ונוכח גודלו של משרד הבריאות, תקציבו, מורכבותו וחשיבותו, המשבר הקשה השורר במערכת הבריאות. במיוחד הכרסום הקשה במשאביה והפגיעה באיכות ובזמינות שירותי הבריאות, מצוקת האשפוז והמחסור במיטות, המחסור ברופאים ובאחיות, התקציב החסר לסל השירותים, בעיות מערכתיות כאי שוויון, אלימות גואה והצורך ליישום המלצות דו"ח אמוראי ונוכח הצורך הדחוף בהפעלת סמכויות סטטוטוריות לפתרון הבעיות במערכת הבריאות. בנוסף, נוכח חשיבותה ההולכת וגוברת של הזכות לבריאות, והמגמה הגוברת של ביהמ"ש להעניק לה הגנה משפטית.
עוד נטען, כי ההסכם הקואליציוני בין ראש הממשלה, הליכוד ויהדות התורה בטל, בין מחמת העדר חוקיות ובין מחמת היותו סותר את תקנת הציבור- שכן תקנת הציבור מחייבת כשלעצמה שמשרד הבריאות ינוהל כאשר בראשו עומד שר בריאות, במשרה מלאה, הדואג לעניינים שבסמכותו ומקדם רפורמות חשובות ופתרונות שונים לבעיות השונות המציפות את מערכת הבריאות.
ההחלטה לא סבירה ולא חוקית גם נוכח מספרם הרב של השרים בממשלה ועובדת קיומם של "שרים בלי תיק".
הר"י טוענת בעתירה, כי משרד בריאות נטול שר במשרה מלאה לא יוכל לתפקד אל מול שר האוצר- קיים חשש מהשתלטות נציגי משרד האוצר על פעילות משרד הבריאות, בהעדר שר בריאות במשרה מלאה, בעל הסמכויות הנדרשות והכוח הפוליטי הנדרש משר ניתן ללמוד על כך מסוגיות רבות כגון – טיפות חלב; שירותי הבריאות לתלמיד; בריאות הנפש; סל השירותים; יישום המלצות דו"ח אמוראי.
בעתירה נטען כי, ההחלטה לא למנות שר בריאות במשרה מלאה סותרת את חוק - יסוד: הממשלה, הקובע כי בראש כל משרד יעמוד שר, והוא זה שיהיה בעל הסמכויות הסטטוטוריות שניתנו לשר הממונה על המשרד בחקיקה הראשית.
סמכויותיו הסטטוטוריות והפוליטיות של סגן שר מוגבלות ואין בכוחו להעביר שינויים ורפורמות, לחתום על שורה של תקנות מהותיות ולתפקד בפועל בהיקף ובעצמה הנדרשים משר בריאות במשרה מלאה. על כתפי סגן שר מוטלות מגבלות נוספות, כגון: איסור לדבר בכנסת בניגוד לעמדת הממשלה בעניין כלשהו; סגן שר אינו יכול לשמש חבר ועדה קבועה של הכנסת או כממלא מקום של חבר ועדה; סגן שר אינו יכול להגיש הצעת חוק פרטית, ואם הגיש הצעת חוק לפני היותו סגן שר, יחולו על הצעתו הוראות סעיף 142 לתקנון הכנסת, כאילו חזר בו מהצעתו (סעיפים 134(א) ו – 142ב לתקנון הכנסת); סגן שר אינו חבר בועדת השרים לענייני חקיקה; בהינתן שבכנסת הקודמת הוגשו כ – 500 הצעות חוק בענייני בריאות, חוסר יכולתו של סגן שר "במעמד שר", ליטול חלק בישיבות הועדה היא בגדר נתון מדאיג, בנסיבות העניין.
בבג"צ ביטון נ' ראש הממשלה וכן בהנחיית היועמ"ש לממשלה מס' 1.1300 (מחודש מרץ 2003), שעניינה "מעמד של סגן שר", נקבע כי סגן שר אינו יכול לפעול כשר. סגן שר פועל בשמו של השר, מכוחו ועל דעתו ואך ורק בעניינים שמסר לו. לא ייתכן סגן שר ללא שר.
הר"י טוענת, כי סגן השר הוא עוזר ומסייע לשר ולא נושא תפקיד סטטוטורי עצמאי; סגן שר פועל בשמו של שר ואין הוא יכול לפעול כשר; שר אינו רשאי לאצול מסמכויותיו הסטטוטוריות לסגנו; סגן שר רשאי להשתתף בישיבות הממשלה ואולם הוא אינו רשאי ליטול חלק בהצבעות ובהחלטות הממשלה; יש להימנע מטשטוש האבחנה הברורה בין שר לבין סגן שר, ועל סגן שר למלא תפקידו בפועל בהתאם לכך.
בעתירה מדגישה הר"י, כי ההחלטה לפיה תיק הבריאות "יוחזק" על ידי ראש הממשלה אינה אלא פיקציה – עד כה ראש הממשלה לא הצהיר על היותו שר בריאות ולמיטב, וכפי שידוע לנו, לא הצהיר אמונים כשר בריאות והכנסת לא אישרה את היותו כזה. בנוסף, משמעותה אי תפקוד מוחלט של ראש הממשלה כשר בריאות נוכח היקף המשימות המוטלות עליו ונוכח הגדרת הכוחות בין הסיעות לפי ההסכם הקואליציוני. משלא הוצג לכנסת שר בריאות ומשלא הצהיר אמונים למדינת ישראל וחוקיה ומשלא אושר על ידי הכנסת כחלק ממשלת ישראל, אין למדינת ישראל שר בריאות כלל.
מבחן ההיסטוריה מלמד שבכל הממשלות הקודמות, מאז ומעולם, כיהן שר בריאות במשרה מלאה, למעט תקופות מעבר קצרות בהן החזיק ראש הממשלה בתיק באופן זמני. גם לפי הפסיקה ולפי חוק יסוד: הממשלה, עולה הכלל, לפיו ראש הממשלה לא יכהן כשר אחר, אלא במצבים מיוחדים וחריגים, לתקופה קצובה בלבד, וכל זאת על מנת למנוע מצב בו יוזנח הטיפול במשרד, נוכח עומס המטלות וכובד האחריות המוטלים על כתפי ראש הממשלה.
הר"י מבקשת בעתירתה כי הממשלה לא תדון בינתיים בכל הנושא הקשור למשרד הבריאות לרבות שינוי שיטת התיקצוב של הממשלה, מתקציב חד שנתי לתקציב דו שנתי.