ארגון פתח נערך לכינוס הועידה הכללית השישית לראשונה מזה עשרים שנה לדון באישור המצע המעודכן ולהתניע רפורמה ארגונית. עדנאן סמארה, מבכירי הפתח, הודיע (אח-חיאת, 12 באפריל 2009), כי הועידה תתכנס באמצע חודש מאי ככל הנראה במצרים וייטלו בה חלק 1,500 נציגים מהאזורים השונים.
המצע המדיני של ארגון פתח שאושר בוועידה הכללית החמישית ב- 1989 קובע בין היתר, כי "המהפכה העממית המזוינת היא הדרך המוחלטת היחידה לשחרור פלשתין וכי המאבק המזוין הוא בבחינת אסטרטגיה ולא טקטיקה... והוא לא יסתיים אלא בחיסול הישות הציונית ושחרור פלשתין". בכינוס הקרוב אמורה הועידה לאשר מצע מדיני מעודכן ומרוכך יותר בהקשר הישראלי. אחת ההצעות האמורות להיות נידונה מדברת על חתירה "לפתרון של שלום" ומציינת, כי תנועת הפתח "מכירה בהשלכות השליליות של מקצת ההיבטים של פעילות זו (הפעילות הצבאית – הווה אומר: הטרור) והשפעותיה על החברה הפלשתינית".
בהקשר זה הזהיר סמארה מפני אי אימוץ "מצע מדיני שישמור על הזכויות הפלסטיניות", ובמשתמע כיוון לאפשרות שיאושר מצע מדיני שלא יהיה תקיף יתר על המידה בסוגית הפליטים וההכרה בישראל. "אנו חוששים מפני תוצאות הועידה ומקווים כי תנועת פתח תצא מהוועידה חזרה ומאוחדת סביב מצע מדיני ברור ועם הנהגה נבחרת של פתח שלה תפיסה מהפכנית לשם מימוש המצע המדיני", אמר.
כינוס הועידה השישית הפך לצורך דחוף בעקבות ניצחון חמאס בבחירות לפרלמנט בינואר 2006 והשתלטותו על רצועת עזה בהפיכה צבאית ביוני 2007. פתח קיבל החלטה לערוך ארגון מחדש בשורות הארגון שיכלול בחירה של הנהגה חדשה ואישור מצע חדש כדי להתמודד טוב יותר עם האתגר שמציב חמאס.