בבית לוחמי הגטאות ייחשף היום אחר הצהרים החלק האבוד של ארכיון גטו ורשה – שזכה לאורך השנים לכינוי "החלק השלישי" של ארכיון המרד. החיפושים אחריו נמשכו 65 שנה.
הארכיון שכונה במחתרת כ"עונג שבת" הוטמן באדמת הגטו בעיצומו של גירוש יהודי ורשה בחודש אוגוסט 1942. בימים ההם הוטמנו שני חלקים של הארכיון: 10 תיבות מתכת ושני כדי חלב. אלו נחשפו בשנת 1946 ובשנת 1950. בין היתר תוצג מחר לראשונה צוואתו של ישראל ליכטנשטיין הי"ד - האיש שהטמין את הארכיון באדמת גטו ורשה. בצוואה מסביר ליכטנשטיין את חשיבות שמירת התיעוד. ארכיון בית לוחמי הגטאות מקיים את הציווי שלו, מחר במסיבת העיתונאים. (בהמשך, קטע מצוואתו)
ואולם בקרב החוקרים נפוצה שמועה על חלק שלישי אותנטי במיוחד, הכולל יומנים וכתבי יד מימי המרד עצמם. התסכול נבע מכך שמעל המקום המשוער של הימצאות החלק השלישי, הוקמו בתים ובהם וכנראה גם השגרירות הסינית בוורשה.
החיפושים אחר "החלק השלישי" של ארכיון לוחמי גטו ורשה נמשך שנים והעסיק רבים וטובים. בשנת 2003 הוקרן הסרט "תעלומת המסתור השלישי" המתאר ניסיון נרחב וייחודי לאתר את הארכיון מתחת לשגרירות הסינית בוורשה, באמצעות טכנולוגיות של שחזור מבנים וירטואליים ואיתור - אך הארכיון לא נמצא.
במהלך העבודה הלא נגמרת של מחקר על רבבות העדויות והממצאים שזורמים אל בית לוחמי הגטאות, התגלה ב-2006 מה שמכונה "אוסף ברמן" אוסף שהביא אל המוזיאון ניצול שואה בשם אדולף ברמן ז"ל - מי שהיה בכיר במחתרת ונשא עמו ארצה כל פיסת נייר שיכול היה לשמור בוורשה.
"ערכו ההיסטורי של אוסף המחתרת היהודית לא יסולא בפז. הוא נותן תמונה נאמנה על ההתנגדות היהודית בפולין ובוורשה לאחר נפילת גטו ורשה ועד לשחרורה של פולין", אומרים במוזיאון בית לוחמי הגטאות.