שופטת בית המשפט העליון, איילה פרוקצ'יה, אמרה בדיון בעתירת הפורום המשפטי למען ארץ ישראל נגד הענקת פרס ישראל למכון הישראלי לדמוקרטיה, כי "דווקא בשל המשקל הרב של הפרס ייתכן שהמידע על ההליך צריך להיות מאד מאד קפדני וזאת להבדיל מהעניין הערכי למי להעניק את הפרס".
שופטי בג"ץ פרוקצ'יה, גרוניס וחיות הודיעו כי יתנו בהקדם החלטה בעתירה נגד מתן הפרס למכון הישראלי לדמוקרטיה.
השופטת נאור שהיתה אמורה לשבת בדין הוחלפה, זאת משום שבאתר המכון מופיע כי היא חברה במועצת התנועה לחוקה בהסכמה הקשורה במכון.
דוברת בתי המשפט הודיעה כי נאור אינה חברה במועצה וכי היא לא השתתפה בכינוסיה. דובר המכון הישראלי לדמוקרטיה הודיע כי שמה של השופטת שורבב לרשימת חברי המועצה אך היא איננה חברה בה.
ב"כ הפורום המשפטי למען א"י עו"ד יצחק בם תבע מהשופטים להורות על ביטול הפרס בשל ניגוד ענינים שבו היה נתון יועץ שרת החינוך לעניני פרסי ישראל, עו"ד נחום לנגנטל ששימש בשנתיים שקדמו לכניסתו לתפקיד, יועץ בשכר של המכון הישראלי לדמוקרטיה.
בם אמר כי היועץ הוא שבחר את השופטים שכולם השתתפו בפעילויות שונות של המכון הישראלי לדמוקרטיה בשנים האחרונות, והביאם לאישור שרת החינוך, ועל כן הבחירה נגועה בניגוד ענינים. הוא הוסיף כי הפרס ניתן למכון על פעילויות שבהן השתתפו חלק מהשופטים שהעניקו את הפרס.
השופטים תהו האם במקרים של זוכים אחרים בפרס ישראל שחולקו בשנים האחרונות ועדות השופטים לא הורכבו מאישים בכירים בתחום המכירים היכרות מקצועית מעמיקה את הזוכים?
ב"כ המדינה עו"ד תדמור עציון, אמרה כי ההזמנות נשלחו וההכנות לטקס הענקת הפרס כבר נשלמו ובעת הזו פתיחת הנושא לדיון יפגע באופן משמעותי במעמד הפרס ובזוכה.באשר לטענות על ניגוד הענינים של היועץ והשופטים אמרה כי פרס ישראל הוא ענין ייחודי שביסודו הערכה והוקרה לאישים וגופים הראויים לכך, ועל כן אין מקום להתיחס אליו במבחן שבו מתייחסים לכל הליך מנהלי רגיל.
יצוין כי הפורום המשפטי עתר לעליון בעקבות הדיווח אודות קשר לכאורה בין מעניקי פרס ישראל למכון לדמוקרטיה לבין המכון עצמו.
גולת הכותרת של העתירה היא "חשש ממשי (או, למצער, לחשש סביר) למשוא פנים בהחלטה", כלשון העותרים.
העותרים קובעים כי "קיים חשש ממשי כי בהחלטת הוועדה להעניק את פרס ישראל למכון הישראלי לדמוקרטיה נפל פגם חמור של משוא פנים. פרס ישראל מוענק על ידי ועדת השופטים, אשר בדיוניה משתתף גם יועץ שר החינוך לענייני פרס ישראל. שלושת השופטים חברי ועדת הפרס שהחליטה להעניקו למכון לדמוקרטיה היו קשורים בצורה זו או אחרת למכון".
בשנה שעברה דחה בג"ץ את העתירה שהגיש הפורום המשפטי נגד ההחלטה להעניק את פרס ישראל בתחום חקר מדע המדינה, לפרופ' זאב שטרנהל.
בעתירה, שהוגשה נגד שרת החינוך יולי תמיר ונגד ועדת השופטים לפרס, נטען שנוכח התבטאויותיו של שטרנהל בתקשורת, ובפרט במאמר שפירסם ב-2001 ב"הארץ" שהתיר פגיעה של פלסטינים במתנחלים, אין הוא ראוי לפרס ישראל.