מבקר המדינה מטיח ביקורת בהחלטת הרבנות הראשית לצמצם את פעילות היתר המכירה, בניגוד להתנהלותה של הרבנות הראשית בשנות שמיטה קודמות.
המבקר מציין שההחלטה להקים את מערך אוצר בית דין לא קיבלה כל אישור ממשלתי או רשמי אחר ולכן לא תוקצבה על ידי משרד האוצר. הנגזרת מכך היא שהתקציב לאוצר בית דין נלקח מהתקציב שיועד לטיפול בהיתר המכירה.
עוד קובע המבקר בדו"ח המתפרסם היום כי לצורך פרויקט השמיטה התקשרה הרבנות הראשית עם חברה פרטית שקיבלה את הזיכיון ללא מכרז.
כמו כן קובע המבקר כי "סקר מחירים שעשה משרד המבקר העלה כי מחירי התוצרת למהדרין גבוהים בכ-66% בממוצע ממחירי אותה תוצרת שנמכרת לפי היתר מכירה, וכי אף שניתנו תמיכות לחקלאים המשווקים תוצרת למהדרין והטבות מס ליבואני תוצרת חקלאית לא הובטח שמחירי התוצרת יהיו דומים למחירי השוק לצרכן".
המבקר חותם את ביקורתו בפרק זה בקובעו כי אף שמועד השמיטה ידוע לא נערכו הגורמים הנוגעים בדבר מבעוד מועד לקראת שנת השמיטה.
את הנהלים קבעה הרבנות, וכך גם נערכה הכנסת לחקיקת חוק ועדת השמיטה הממלכתית, רק במהלך שנת השמיטה עצמה, וכך הפכו ההמלצות וההחלטות נוגעות לשנות השמיטה הבאות.