נתונים חמורים מגלה מבקר המדינה, השופט בדימוס מיכה לינדנשטראוס, אודות המתרחש בתחום משגיחי הכשרות המקבלים משכורת מבעלי העסק אותם בהם הם משגיחים, אין נהלי קבלת משגיחים וקבלת קרובי משפחה אינה תופעה נדירה.
המבקר מזכיר כי כבר בשנת 92' המליץ משרדו לפעול לפתרון בעיית מעמדם של המשגיחים, אולם עד אוגוסט 2008, מועד הבדיקה הנוכחית, לא נעשה דבר. ען זאת הוא מציין כי מספר מועצות מקומיות פעלו באופן עצמאי לשינוי דרך העסקת המשגיחים בבתי העסק.
באשר לנהלי בחירת המשגיחים קובע לינדנשטראוס כי אין נהלים שכאלה ועל כן לא נדרשים המשגיחים לעמוד ברף מסוים של כישורים. הוא מציין כי הרבנות הראשית אמנם החליטה כבר בשנת 2004 שמשגיחי הכשרות ילמדו על פי תכנית לימודים מסודרת, אך בדיקתו בשלוש מועצות בהן בוצעה הבדיקה העלתה כי לא קיימים כל אישורים המעידים על כך שהמשגיחים עברו מבחני הסמכה כלשהם מטעם הרבנות הראשית.
באשר לקבלת משגיחים לעבודה מציין המבקר כי במועצות הדתיות בחיפה ובראשון לציון נמצאו שבעה משגיחים הקרובים קרבה מדרגה ראשונה לרבני העיר או לעובדי המועצות הדתיות האחרים. "אחדים מהמשגיחים אף היו כפופים לקרוביהם", מחריף המבקר את ביקורתו.
באשר לשכר המשגיחים מצוין בדו"ח כי עדיין המשגיחים מקבלים את שכרם מבתי העסק שאותם הם בודקים. כמו כן מציין הדו"ח כי אין נהלים אחידים באשר להיקף העסקת המשגיחים בסוגי בתי העסק השונים. מציאות זו פותחת פתח, קובע המבקר, ללחצים מצידם של בעלי העסק על המשגיחים.
כמו כן נקבע כי לא קיים דו"ח שעות לנוכחות המשגיחים. "משגיחי כשרות רבים משובצים להשגחה בכמה בתי עסק במקביל", קובע המבקר המציין כי המשגיחים לא נמצאו בבתי העסק בשעות בהן עליהם היה להשגיח שם.
המבקר מציין כי ליקויים דומים מצא גם אגף הכשרות הארצי.