מבקר המדינה תוקף בחריפות את מדיניות משרד החינוך כלפי מוסדות החינוך במזרח ירושלים. על פי הדו"ח המתפרסם היום במזרח הבירה קיים מחסור חמור בכיתות לימוד ובשל כך נשללת מילדי האזור הזכות לחינוך על פי חוק חינוך חובה.
המבקר קובע כי משרד החינוך והעירייה "לא מילאו את תפקידם ולא הצליחו להעמיד לרשות תושבי מזרח העיר מספיק כיתות לימוד בחינוך הרשמי". לדברי המבקר בכירי משרד החינוך והעירייה לא פעלו בנחישות ראויה, כהגדרתו, כדי לאפשר לתלמידי מזרח ירושלים את מימוש זכות החינוך שלהם.
בתגובה לדברי המבקר נמסר ממשרד החינוך כי המנהלה לחינוך ירושלים (מנח"י) הוקמה בהסכם בין משרד החינוך לבין עיריית ירושלים בשנת תשמ"ט. מנח"י משמשת מחוז ייחודי במשרד, המאגד את אגף החינוך בעירייה ואת מפקחי המשרד. מנח"י אחראית לתכנון מערכת החינוך ולהפעלתה על סמך צורכי האוכלוסייה ומוסדות החינוך בירושלים בתחום הפיסי, התקציבי והחינוכי.
על פי נתוני העירייה, במערכת החינוך העירונית במזרח ירושלים למדו בשנת הלימודים תשס"ח כ – 40,000 תלמידים. כ – 16,500 תלמידים נוספים למדו באותה שנה במוסדות חינוך מוכר שאינו רשמי וכ – 20,000 תלמידים במוסדות חינוך פרטיים. במזרח ירושלים חסרות כ – 1,000 כיתות לימוד, ומספרן עולה משנה לשנה.
עוד מציינים במשרד החינוך ואומרים כי "בשל המחסור בקרקעות במזרח ירושלים הקים משרד החינוך ועדה אשר תבחן את האפשרות לבניית בתי ספר "רבי קומות" דהיינו, מיעוט עתודות קרקע שישמשו לבניית בתי ספר. הועדה בחנה את ההשלכות של בנייה לגובה במקרים מסוימים, כאשר אין כל ברירה אחרת. הממצאים הסופיים של הועדה העלו שעלויות בנייה לגובה יהיו גבוהות ב 70% מעלות בנייה רגילה. המשרד העביר את תוצאות הבדיקה למשרד האוצר אשר הביע את הסכמתו לתקצבן במזרח ירושלים".
"משרד החינוך קיים פגישות מרובות עם עיריית ירושלים לגיבוש תוכנית שבה העירייה הציגה את המגרשים המיועדים להפקעה ומספר הכתות המרבי שניתן יהיה לבנות בכל אחד מהם. בהמשך לכך, פנה משרד החינוך לשמאי הממשלתי בבקשה להעריך את עלות הקרקעות במזרח ירושלים המיועדות להפקעה. בעקבות הבקשה ערך נציג השמאי סיור והעביר הערכת עלות ל 6 מגרשים שמסתכמת בסכום של כ-14,000,000 ש"ח. לאחר דיונים שהתקיימו בין משרד החינוך למשרד האוצר, הוקצה ע"י משרד האוצר הסכום הדרוש להפקעת הקרקעות. יודגש, כי כאשר העירייה תסדיר את הפקעת הקרקעות, יעביר משרד החינוך לעירייה את ההרשאות התקציביות, 15 יום לפני סיום מועד ההפקעה".
בנוסף, על מנת לקצר את ההליכים לאישור ותקצוב בניית בתי"ס במזרח ירושלים מוציא משרד החינוך טיוטות פרוגרמה לכל הפרויקטים שמיועדים לבניה, זאת כדי לאפשר לעירייה להתחיל את עבודות התכנון במקביל לתהליך העברת הבעלות על הקרקעות לידי העירייה.
כמסקנה דוחה המשרד למעשה את הביקורת וקובע כי "לאור האמור לעיל ניתן לראות, כי משרד החינוך נקט ונוקט יוזמה ופועל רבות על מנת למצוא פתרונות לבעיית מחסור הכתות במזרח ירושלים".