גם נציגי הכנסייה החלו מגיבים לקריאתו הגלויה של יו"ר יד לאחים, הרב שלום דב ליפשיץ, בה ביקש מהאפיפיור בנדיקטוס ה-16 לצאת בקריאה ולפיה חובה על כל נוצרי לגלות ליתומי השואה, את עברם היהודי ולספק להם כל מידע על משפחותיהם.
כזכור, הרב ליפשיץ הפנה את פנייתו לפני כשבועיים והיא מתייחסת לאותם ילדים שמצאו מקלט בימי השואה אצל משפחות נוצריות ומנזרים, אך לאחר המלחמה לא הושבו לבני משפחותיהם, לעיתים כיוון שלא ידוע היה כיצד לעשות זאת שכן המשפחה הושמדה, אך לעיתים מתוך זדון דתי.
כזכור, לפי מידע ממוקד שהתפרסם בתקשורת העולמית, בתום המלחמה אסר האפיפיור פיוס ה-12 על הכנסייה להחזיר ילדים יהודים שכבר הוטבלו, אפילו לדרישת הוריהם. הוא גם אסר ליידע את הארגונים היהודים שניסו לאתר את הילדים, בדבר שמותיהם וכתובתם, כך שרק מספר קטן של ילדים הוחזרו לחיק משפחותיהם.
ב'יד לאחים' מדווחים על גל תגובות הזורם כל העת למשרדי הארגון בעקבות הדרישה, אך כעת מתחילות להישמע לראשונה קולות התגובה מצד אנשי הכנסייה והבאים עמה במגע.
בראיון ל'ג'רוזלם פוסט' שסיקר את הנושא בהרחבה רבה אמר בשבוע שחלף האב דוד ניוהאוז, הכומר הפטריארכאלי של הקתולים דוברי העברית בישראל, כי "בלתי אפשרי עבור הכנסייה הקתולית לאמץ עיקרון כולל לפיתרון של יהודים שגדלו כקתולים. נוצרים תסביכים עצומים, ויש לטפל בכל מקרה באופן אינדיבידואלי".
"חיי אדם מעורבים במקרים המסובכים והטעונים רגשית הללו", הוא טען. "מלבד הסוגיה התיאולוגית לאיזו אמונה משתייכים האנשים הללו, יש כאן גם סוגיות מאוד הומניות של משפחות. משפחה קתולית המגדלת יתום יהודי חשה שהילד הינו ילדם האמיתי. למי יש להחזיר יתום זה? לקרוב משפחה רחוק אותו הניצול אפילו לא מכיר? לעם היהודי?".
ב'יד לאחים' מציינים כי "על מנת לשוות לדבריו אופי טרגי הוסיף ניוהאז ואמר כי 'אפילו לאחר שיהודים אלו מתוודעים לשורשיהם, הם מגיבים בצורות שונות ומגוונות. הצהרה פשוטה מצד האפיפיור לא תפתור בעיות אלו' ".
לעומת זאת הרב דוד רוזן, מנהל 'הוועד היהודי אמריקני' העוזר לתאם את ביקור האפיפיור בישראל, אמר שלניצולי שואה עם שורשים יהודיים יש זכות לדעת אודות כך, אולם הוא מסופק אם האפיפיור הוא האדם המתאים לבקש ממנו. "יותר לעניין להיפגש עם הבישופים המקומיים ולנסות לפעול במישור מקומי".
יו"ר יד לאחים הגיב על הדברים בחריפות רבה. "עם כל הכבוד לשאלות המיתממות של הכומר הפטריארכאלי, השאלה הברורה ביותר היא מדוע מעלימים את המידע הבסיסי, האלמנטרי והאנושי הזה, מהילדים עצמם? למה שאנשים שחיים בתוכנו לא ידעו את האמת ותוסתר מהם העובדה שהם בנים לעם היהודי?!".
לדברי אנשי הארגון בידי יד לאחים נערמה עד כה רשימה של כאלפיים שמות ילדים שככל הנראה הועברו למשפחות ולבתי יתומים קתוליים וכן מוסדות כנסייה אחרים על מנת להסתירם מפני הנאצים. הרשימה כוללת שמות, תאריכי לידה, מקום לידה, והכתובת האחרונה הידועה של אותם אנשים אותם חושבים ליהודים. הרשימה מבוססת על האינפורמציה שהושגה לאחר השואה, כוללת יהודים מצרפת, איטליה ובלגיה. כולם נולדו בין השנים 1920 ל- 1938.
בתגובה לדברי הרב דוד רוזן שהציע לדבר על הנושא עם הבישופים, הצביע יו"ר יד לאחים על העובדה הפשוטה: "איך יוכלו הבישופים לעזור אם חל עליהם איסורו הקדום של האפיפיור פיוס ה-12. מי שבאמת רוצה שהבישופים יעזרו בגילוי האמת, צריך קודם כול לדאוג שהוראת האיסור המקוממת שחלה על ראשם תבוטל בידי האפיפיור".
יו"ר יד לאחים הסב את תשומת הלב לעובדה שחלק ניכר מאותם 'ילדי שואה' לא הוחבאו בבתי משפחות אלא במנזרים. "הללו גדלו כנזירים ונזירות שבאין להם כל משפחה, ראתה הכנסייה את עצמה כחופשייה לשגר אותם כבשר תותחים כשליחיה הנאמנים למדינות נידחות בכל רחבי העולם. הגיע הזמן לגלות את האמת", קרא.