נשיא המדינה, שמעון פרס, אמר בטקס הפרידה בנתב"ג מהאפיפיור בנדיקטוס ה-16 כי הבעיה הגדולה והעמוקה של ימינו היא להפריד בין טרור לבין דת.
בפתיחת הנאום אמר, "שמחנו לבואך לארץ הקודש. ראינו בביקורך תרומה חשובה ליחסים הטובים שבין ירושלים לבין הוותיקן, אך בעיקר ביחסים שבינינו, העם היהודי, לבין מאות מיליוני המאמינים הנוצרים ברחבי עולם. ולא נמעיט מחשיבות דבריך, שלא לשכוח או להשכיח את השואה ומהצורך להילחם באנטישמיות ובאפליה בכל מקום, בכל צורה".
"אנו מאמינים כי לבד ממסע הצליינות, מהתפילות ושעות הקודש שהיו מוקד ועיקר הביקור הזה, הייתה לך ולפמלייתך הזדמנות לראות את הארץ הזו: את יופיה, את חיוניותה, את בניה ובנותיה, להיווכח במרץ האינסופי של אנשיה – ובעיקר להיות עֵד, לרצונם הכן בשלום – שלום עם שכנינו, ושלום עם אויבים רחוקים. שלום בעולם כולו", הוסיף.
לדבריו, "האמונה המונותיאיסטית ניפצה את המספר הרב של האלילים ושּמָה יהָבֶה באל עליון אחד. המסר של שיוון בין בני אדם נובע מעצם דבר ה' שכל אדם נברא בצלמו. בין המאמינים באל אחד ישנן אמונות שונות והפרדה בין המדינה לבין הכנסייה. אבל עתה קמו לנו קנאים שרוצים ליצור שני סוגי אלוהים. האחד השואף לחיים ומכבד את החיים והאחר המאפשר רצח, טרור ואלימות. העולם הנאור מחפש כיום, הידברות בין הדתות, ובין הדתות לבין המדינות, ולאפשר לכל אדם לשרת באמונה את אלוהי השלום, ואלוהי הידידות, להודות לאלוהי האמונה שהעשיר את ליבו של האדם בטוב, ואת תקוותיו וחלומותיו בעושר רוחני. זהו האלוהים שלנו בירושלים. זו האמונה שצריכה לשרור בקרב כל המאמינים".
פרס הדגיש כי "הבעיה הגדולה והעמוקה של ימינו, שלנו כמו שלכם, היא להפריד בין טרור לבין דת. למנוע מטרוריסטים להתחפש לנושאי מצפון ושליחות דתית. אני מאמין שמנהיג רוחני כמוך יכול להפיח את רוח האמונה בבורא העולם ובבורא האדם. לגרום לכך שהאמונה באל לא תיחטף על ידי טרוריסטים שאין אלוהים בלבם. זו שליחות היסטורית ואתה נושא אותה איתך בשכנוע רב".
לסיום אמר, "העם היהודי מוקיר לך תודה על ביקורך ומטרת ביקורך בביתנו. כי אנו יודעים להעריך את המאמצים שלך לבנות גשר בין העמים, ליצור ולתת כבוד לאדם באשר הוא אדם. אנו משוכנעים כי בשובך למשכנך, תמשיך ותוסיף לחפש כל דרך לפיוס, כל דרך לשלום בין עמים, בין בני אדם. תודה לך על ביקורך ואנו אומרים לך היום שלום ולהתראות, צאתך לשלום".