בג"ץ קבע כי על המדינה לתקצב אולפני גיור פרטיים רפורמיים, וזאת בנוסף לתקצוב שמועבר דרך קבע למכוני הגיור האורתודוכסיים. פסיקת בית הדין התקבלה בעקבות עתירת "התנועה ליהדות מתקדמת בישראל", שטענה לאפליה בתקצוב.
התנועה ליהדות מתקדמת בישראל המפעילה מוסדות פרטיים העוסקים בהכנה לגיור רפורמי, טוענת כי מבחני התמיכה שגובשו מפלים שלא כדין את זרמי היהדות הלא-אורתודוכסים המקיימים פעילות הכנה לגיור. בקשת התנועה היא להורות על ביטולם של המבחנים הקיימים והמרתם במבחנים שיאפשרו לכל המקיימים פעילות הכנה לגיור בארץ – אורתודוכסים, רפורמים וקונסרבטיבים – לקבל תמיכה תקציבית במסגרתם.
השופטת בייניש כתבה "בנסיבות העניין לא עלה בידי המדינה לבסס את טענתה בדבר שוני רלוונטי המצדיק את יצירת ההבחנה המאפשרת הענקת תמיכה למכוני הגיור הפרטיים האורתודוכסיים בלבד, ולא למכוני הגיור הפרטיים הלא-אורתודוכסיים, כדוגמת מכוניה של העותרת. מסקנה זו מתבקשת הן מבחינת תכלית מבחני התמיכה כפי שפורטה לעיל, והן על רקע העובדה כי מבחני התמיכה כפי שנקבעו אינם עולים בקנה אחד עם עקרון חופש הדת והפלורליזם. גם השיקול עליו ביקשה המדינה לבסס את ההבחנה הקיימת מעורר קשיים רבים לגופו, כפי שפורט לעיל, ואין בו לדעתנו, בוודאי בשים לב למכלול השיקולים הצריכים לעניין, כדי לבסס הצדקה עניינית לשוני בין הקבוצות. במצב דברים זה, המסקנה המתחייבת היא כי מבחני התמיכה נשוא העתירה אינם תואמים את עקרון השוויון המהותי, ולפיכך אינם יכולים לעמוד", כתבה.
"יש להורות למשרד לקליטת עלייה להעניק לעותרת ולשכמותה תמיכה מתאימה, בהתאם לחלק היחסי של מכוניה במערך הגיור הנתמך, עבור השנים 2006-2009 (ככל שתקציב עבור שנת 2009 כבר הועבר למכוני הגיור הנתמכים מתוקף מבחני תמיכה אלה). נעתרנו לעתירה בכל הנוגע לעבר. בכל הנוגע לעתיד לבוא, וכאמור בפסק דיננו, אם וככל שתחליט המדינה להמשיך במתן התמיכות למכוני הגיור הפרטיים, אנו נעתרים לראש השלישי של העתירה ומורים למדינה להתקין מבחני תמיכה שיאפשרו לכל זרמי היהדות המכינים לגיור לקבל תמיכה במסגרתם", כתבה הנשיאה בייניש.