בצה"ל דוחים פרסום ולפיו מפקד פיקוד המרכז, האלוף גדי שמני, רואה בנוכחותם הגוברת של חיילי צה"ל סכנה לבסיסה הדמוקרטי של מדינת ישראל.
ראשיתה של הפרשה בכתבה שפורסמה ב'טיימס-און-ליין' אודות מעורבותם הגוברת של חיילים דתיים ומסורתיים בשורות הצבא והפיקוד. במסגרת כתבה זו דווח על כארבעים עד חמישים אחוזים מחיילי צה"ל המוגדרים כשומרי מצוות המונעים מכוח משנתו של הרב קוק.
בהמשכה של הכתבה צוטט האלוף שמני כאומר שמדובר בתופעה מסוכנת, "תופעה המאיימת על עצם הבסיס של הצבא כצבא העם במדינה דמוקרטית".
דברים אלה של שמני תורגמו והחלו מופצים ברשת האינטרנט ולעורר זעם בקרב רבים בציבור הציונות הדתית בארץ ובעולם. "הדברים מחרידים ומקוממים ביותר", אומר עורך הדין אליקים העצני, אחד המרואיינים לכתבה ב'טיימס'. בין השאר כבר החלו להישמע קולות להדחתו מצה"ל של שמני.
לעומת דברים אלה אומרים בצה"ל כי שמני לא אמר את הדברים ומעולם לא התראיין ל'טיימס-און-ליין', וכי אין לדברים כל בסיס.
ב'טיימס' עצמו טוענים בתגובה כי הדברים מבוססים על ציטוטים מדבריו של שמני שנאמרו בשנת 2007 ומקורם באחת מסוכנויות הידיעות.
מנגד ציטטה דומה לזו המיוחסת כעת לשמני נמצאה בתקשורת אולם זו התייחסה באופן ממוקד לסירובם של 12 לוחמים להשתתף בפינוי משפחות יהודיות בשוק הסיטונאי בחברון. שמני אמר אז שהוא רואה בתופעת הסירוב סכנה לבסיס שעליו פועל צה"ל כצבא העם במדינה דמוקרטית וחובתו של הצבא היא לבצע את המשימות המוטלות עליו, אולם דברים אלה נוגעים כאמור לתופעת הסרבנות ולא מעבר לכך.
ג'יימס היידר, הכתב שפרסם את דבריו לכאורה של האלוף שמני ב'טיימס', הודה לערוץ 7 על הפניית תשומת ליבו לדברים ולהבדלים בין מקורם וההקשר בהם נאמרו לבין האופן בו הוצגו בעיתונו. לדבריו במהלך העריכה בחו"ל של הדברים שכתב נשמט מהם ההקשר המקורי של דברי האלוף.