טענות צה"ל עומדות בסתירה לעדויות המתיישבים במקום וגורמים נוספים, לפיהן הגיעו למקום בכלי רכב במהלך השבת חיילים וקצינים, תוך חילול השבת.
מספר שעות אחר כך הגיעה למקום שוב קבוצת חיילים וקצינים עם רכבי ביטחון. "בגלל היקף ההיערכות חלפה מחשבה בראשי כי החיילים יוצאים לפעולה בשכם אך לתדהמתי החלו החיילים לפנות את המאחז תוך שהם מוציאים מהמקום את הציוד האישי של התושבים". עם צאת השבת החלו צעירים לבנות מחדש את המאחז.
וייס הביעה פליאה על תגובת צה"ל ומצהירה כי צה"ל חילל את השבת, "אני ראיתי בתוך השבת את התדרוך של עשרות החיילים לקראת הפינוי ואת התנועה הערה בשטח. שלא יספרו סיפורים".
תגובת צה"ל כפי שהגיעה הערב למערכת:
נקודת ההתיישבות הבלתי חוקית המכונה שבות עמי לא פונתה בשבת או בחג. הטענות לעניין זה חסרות בסיס. הנקודה שבות עמי הוקמה באופן בלתי חוקי ובמקום קיים צו שטח צבאי סגור כך שהשהייה בנקודה מהווה עבירה פלילית. מעבר לכך, קיים סיכון ביטחוני משמעותי בשהיית ישראלים בשטח ולכן קיים בסיס להרחקת ישראלים מהנקודה בכל עת ובכל מועד.
במקרה האחרון, במהלך החג, הגיע מפקד בכיר לשטח הנקודה, בה שהו כ-6 נערים, וביקש מהם לעזוב את המקום. על הנערים לא הופעל כל לחץ פיזי, ולא פונה ציודם האישי והחפצים במקום. רק לאחר צאת השבת הגיעו למקום כוחות צה"ל ומג"ב, אשר הרסו 2 מבנים ארעיים ופינו ציוד רב משטח המאחז. אין זו הפעם הראשונה שבה הנערים מבצעים עבירות פליליות של שהייה במקום ומן הראוי למצות עימם את הדין. צה"ל ימשיך לטפל בהפרות חוק חוזרות ונשנות וימנע הקמתן של נקודות בלתי חוקיות תוך שמירה על החוק והסדר.