השר לשירותי דת, יעקב מרגי, פנה לשר הביטחון, אהוד ברק, וביקש את התערבותו בהמשך בניית בית הכנסת ביישוב מעלה שומרון.
השר מרגי טען כי "אין זה מתקבל על הדעת שאזרחים אלו אינם יכולים לקיים סדר חיים נורמאלי ולבנות מבנה ציבורי כמתבקש על מנת שתושבי המקום, שהינם בעלי זכויות שוות ככל תושבי ישראל, יוכלו לממש את זכותם לבית כנסת בישוב".
נציין כי ביישוב "מעלה שומרון" הוקם בית כנסת על מנת לספק את צרכי הדת לתושבים, אולם בעקבות עתירת עמותת "יש דין" הוצא צו הפסקת עבודה לבניית בית הכנסת, וזאת למרות שהשכונה בה נבנה בית הכנסת ממוקמת על אדמות שהוקצו ע"י ההסתדרות הציונית העולמית בהסכם מיום 22.6.97, כך שתושבי המקום חיים במקום באופן חוקי ובשליחות המדינה.