בית המשפט העליון החליט פה אחד לקבל את העתירה, ולהורות כי העמדתם של החייל והמג"ד לדין בעבירה של "התנהגות שאינה הולמת", דינה להתבטל מחמת חוסר סבירות קיצוני. ניתן צו מוחלט שבמסגרתו הורה בית המשפט על החזרת העניין לפצ"ר כדי שיחזור וישקול בעקבות מתן פסק-הדין מהם סעיפי האשמה שבהם ראוי להאשים את המג"ד ואת החייל, כל אחד על-פי עניינו ונסיבותיו, באופן שהעבירות שתיוחסנה לכל אחד מהם תשקפנה כראוי את טיבם של המעשים המתוארים בכתב האישום.
השופטת איילה פרוקצ'יה קבעה בפסק דינה כי פגיעה באדם עצור כשהוא כבול, מכוסה עיניים וחסר ישע, משקפת מעשה עבירה חמור ואכזרי המחייב תגובה עונשית הולמת במישור הפלילי. כיבוד זכויות אדם והגנה על כבוד האדם, גם כאשר הוא נמנה על האויב, טבועים עמוק באופייה של מדינת ישראל כמדינה יהודית ודמוקרטית, ובמורשתו של צה"ל, אשר כוחו תלוי ברוחו וברמתו המוסרית, לא פחות מאשר בעוצמתו הפיסית.
על פי עובדות כתב האישום, במידה שיוכחו, המג"ד התכוון להפחיד את העצור כי עומדים לירות בו מטווח קצר ולפגוע בו פגיעה קשה. מעשה הפחדה זה כשלעצמו, שהופנה כלפי עצור חסר ישע כשהוא אזוק ומכוסה עיניים, גובל באכזריות והתעללות, האסורים בתכלית על חיילי צה"ל, ולא כל שכן על מפקדיו. לחייל מיוחס מעשה הירי מתוך הבנה כי קיבל פקודה לירות, פקודה שעל פניה הינה בלתי חוקית בעליל.
בחירת סעיף האשמה המשקף את הנורמה הפלילית המתאימה למעשים נשוא כתב האישום ממקדת את רף החומרה שהתביעה הצבאית מייחסת להם. סעיף האשמה שנבחר על ידה הוא בעל אופי פלילי-משמעתי, שאינו מבטא את מלוא משמעות הפגיעה המוסרית הכרוכה בארוע המתואר. האינטרס הציבורי מחייב הקפדה מירבית על אכיפת הנורמות הערכיות – מוסריות בפעילות הצבא, לא רק בשורותיו פנימה, אלא גם בהתייחסותו אל אויביו. הסטייה בבחירת סעיף האשמה לוקה במקרה זה באי-סבירות קיצונית במידה כזו המצדיקה התערבות שיפוטית לשינוייה.
השופט אלייקים רובינשטיין הכריע בפסק דינו כי למרות הקושי וההתלבטות שמעלה תיק זה, הוא מצטרף לדעתה של השופטת פרוקצ'יה, שכן סבירות החלטתו של הפצ"ר נבחנת בכור ערכי מדינת ישראל כמדינה יהודית ודמוקרטית. השופט מצטט את ראש הממשלה הראשון, דוד בן גוריון, אשר הביע דעתו לא אחת כי כוחו של צה"ל הוא במוסריותו ובערכיותו הגבוהה. על פי מקורות המשפט העברי, המעשים המיוחסים בתיק כלפי אדם אזוק וכסוי עיניים, מהווים, לכאורה, פגיעה בכבוד הבריות, בכבודו של האדם הלא-יהודי שכננו, ומגיעים אף לידי חילול השם. עוד מבהיר השופט כי אף אם ייקבע רישום פלילי למג"ד ולחייל – אין בכך כדי לשכוח או למחוק את זכויותיהם ותרומתם בעבר, כל אחד בפני עצמו.
השופט חנן מלצר הצטרף אף הוא לפסק דינה של השופטת פרוקצ'יה, תוך שהוא רואה לציין כי כל האמור בפסק הדין איננו אמור להתפרש כאילו נזקק בית המשפט לשאלות הקונקרטיות בדבר אשמתם או חפותם של המג"ד או החייל – עניין שהוא בסמכותו של בית הדין הצבאי. השופט מלצר מציין כי ההעמדה לדין של המג"ד והחייל בעבירה שיש בה יסודות אתיים דומיננטיים עלולה להיות להם עצמם לרועץ, שמא ניתן יהיה לגרוס כנגדם בעתיד שלא עומדת להם הטענה של "כבר זוכיתי-כבר הורשעתי" במשפט הפלילי הבינלאומי. בהחלטתו מפנה השופט למשפט משווה ומקביל את החלטת הפצ"ר להחלטות רשויות התביעה במקרים בעלי קווי דמיון לאירוע זה, שהתרחשו מחוץ לישראל, תוך שהוא מסכם כי נקבע לא אחת, שעוצמתו של צה"ל שאובה לא רק מחוסנו הצבאי, אלא גם מחוסנו המוסרי.