הועידה השישית של תנועת פתח מתכנסת (4 באוגוסט 2009) בבית לחם לבחור את הנהגתה ולאשר את המצע האידיאולוגי העדכני בצל הקרע עם חמאס. ערב פתיחת הועידה מפרסם העיתון "אל-קודס" את דבריו לבאי הועידה של מרוואן ברגותי, ראש פתח באיו"ש, מפקד גדודי חללי אל-אקצה באיו"ש, המרצה עונש מאסר עולם על רצח ישראלים ואשר שמו מוזכר כמועמד מוביל להחליף את אבו מאזן כמנהיג פתח והרשות הפלסטינית.
ברגותי, המוסיף לבסס את מעמדו כמנהיג הבלתי מעורער של פתח, קרא למתכנסים ללמוד מלקחי העבר ולדון באופן פתוח וכן בכישלונות ובמחדלים של הארגון מבלי להיכנס לחשבונות אישיים ואינטרסים צרים. בהקשר המדיני התווה ברגותי את קווי היסוד להסדר עם ישראל. "אנו עדיין נמצאים בשלב השחרור הלאומי, ובהיות תנועת פתח תנועת שחרור פלסטינית היא רואה את המשימה העיקרית, הראשית הראשונה בחשיבותה והקדושה של העם הפלסטיני במולדת ובפזורה בהמשך המאבק הלאומי להביא לסיום הכיבוש הישראלי, ההתנחלות והנסיגה המלאה לגבולות 4 ביוני 1967 ובכלל זה מירושלים המזרחית הכבושה, הקמת מדינה פלסטינית עצמאית בעלת ריבונות מלאה שבירתה ירושלים המזרחית, זכות השיבה ומימוש זכותם בהתאם להחלטה 194 ושחרור כל האסירים והעצורים", אמר ברגותי.
את חידוש המו"מ המדיני התנה ברגותי בשורה של תנאים, ובראשם הפסקת ההתנחלות והסכמה ישראלית לשחרר את כל האסירים הפלסטינים מתוך שנה ממועד תחילת המו"מ אשר לדבריו יש לסכם מראש על סיומו בפרק זמן שלא יעלה על 6 חודשים. ברגותי הגדיר את "המאבק בכיבוש הישראלי" כ"חובה לאומית" ו"זכות לגיטימית" והדגיש, כי ההתנגדות הפלסטינית תבוא לקיצה רק ב"סיום הכיבוש" וביישום הזכויות הלאומיות של העם הפלסטיני.