שבועיים לפני פתיחת שנת הלימודים הפיץ היום משרד החינוך חוזר למערכת החינוך ובו הנחיות בנושא שפעת החזירים. מההנחיות עולה כי בית ספר יישאר פתוח, אלא אם שיעור החולים בקרב תלמידיו וסגל ההוראה בו יעלה על 45%.
בין היתר מנחים במשרד החינוך את בתי הספר להעלות את רמת הניקיון ולהקפיד על הגדלת התדירות של תורנויות הניקיון בשירותים, מטבח, חדר האוכל ובכיתות הלימוד. עוד מציינים כי "הניקוי ייעשה על ידי עובדים העוטים כפפות".
כל בתי הספר יערכו לגיוס מורים במקרה של היעדרות המונית וכן לאיחוד כיתות או שינוי תוכנית הלימודים. כמו כן, בתי הספר יבנו מערכים להפעלת המוסד באופן גמיש ובאמצעות למידה מרחוק דרך האינטרנט.
בשל הסכנה בהידבקות, ההנחיות לטיפול בתלמיד שמתגלים אצלו תסמיני שפעת הן בידוד ככל האפשר בחדר נפרד עם דלת סגורה. "רצוי להקפיד שהגורם המקצועי מהסגל שיטפל בו לא יהיה אישה הרה או אדם בעל מחלות כרוניות", נכתב.
בחוזר מנחה מנכ"ל משרד החינוך להורות לתלמידים ולאנשי הסגל להקפיד על היגיינה אישית: "עליהם לשטוף את הידיים במים ובסבון לפני האוכל, לפני טיפול במזון, לאחר יציאה מהשירותים, לאחר מגע עם רוק ועם הפרשות מהאף".