בפעם הראשונה בהיסטוריה של הארגון פונה סוכנות הסעד והתעסוקה של הפליטים הפלסטינים אונר"א בבקשה פומבית לגיוס תרומות למימון פעולותיה.
בהודעה שפרסמה בעיתונות הערבית קוראת אונר"א לציבור הערבי והמוסלמי לממש את מצוות הצדקה באמצעות תרומה לאונר"א המתמודדת עם קשיים כלכליים ואשר זקוקה לטענתה ל- 180 מיליון דולר כדי לספק את הצרכים הבסיסיים של הפליטים ברצועת עזה. בפרסומת שכותרתה "הצדקה שלכם למען עזה ותושביה" מוצגת תמונת מסגד שהופגז בידי צה"ל במלחמה האחרונה ועל חורבותיו ילדים פלסטינים.
עדנאן אבו חסנה, יועץ התקשורת של אונר"א הסביר, כי הארגון נאלץ לצאת בקמפיין הפרסומי בחודש הרמדאן נוכח מצבו הכלכלי הקשה במיוחד השנה ונוכח אי ההיענות לניסיון קודם של אונר"א לגייס כספים. במסמך רשמי של אונר"א מתחילת 2009 נמסר, כי זקוקה לתקציב של 545 מיליון דולר בשנה לפרויקטים המוגדרים כ"מתן שירותים בתחומי הבריאות בחינוך והסעד". התקציב השנתי של אונר"א לשנת 2008-9 עומד על 1.1 מיליארד דולר וכמעט כולו ממומן באמצעות תרומות.
4.6 מיליון פלסטינים המוגדרים פליטים רשומים באונר"א הפועלת בירדן, לבנון, סוריה, רצועת עזה איו"ש ומזרח ירושלים. הפליטים במקומות אלה זכאים לשירותים שונים ובכלל זה חינוך, טיפול רפואי, שירותי רווחה, מגורים, הלוואת בסכומים קטנים ועזרה בשעת חירום. בצוות העובדים של אונר"א הנמסך בעיקר על הפליטים כ- 30,000 איש.
בעקבות ההפיכה הצבאית במהלכה תפס חמאס את השלטון ברצועה, ביוני 2007, התקבלו דיווחים, גם מארגוני זכויות אדם פלסטינים, לפיהם כוחות חמושים של ממשלת חמאס השתלטו על מוסדות אונר"א ברצועה ואף שיכנו באחדים מהם כוחות של גדודי אל-קסאם, הזרוע הצבאית של התנועה. ארגון המורים של אונר"א נשלט ע"י חמאס ובראשו עומד סוהייל אל-הנדי מבכירי הארגון.