בתגובה ארוכה ומפורטת תוקף נשיא המדינה שמעון פרס את דוח ועדת גולדסטון וקבע כי הדו"ח "עושה צחוק מההיסטוריה. הוא אינו מבחין בין תוקפן לבין מתגונן".
"המלחמה היא פשע והפושע הוא התוקפן. למתגונן אין ברירה", קבע הנשיא והזכיר כי "ארגון הטרור של החמאס הוא זה שפתח במלחמה, וגם ביצע פשעים נוראיים אחרים. החמאס הפעיל טרור במשך שנים, נגד ילדי ישראל , פוצץ מטעני נפץ בלב ערי ישראל , פגע באזרחים, ירה למעלה מ12,000 טילים ופגזי מרגמה מכוונים לאזרחים חפים מפשע במטרה ברורה אחת – להרוג".
עוד אומר הנשיא פרס: "הדוח מעניק למעשה לגיטימציה ליוזמות טרור, ליוזמת הירי וההרג. הדוח מתעלם מחובתה וזכותה של כל מדינה להגנה עצמית, דבר שנקבע במפורש באמנת האו"ם".
"ישראל פינתה את חייליה, ואזרחיה מעזה, פתחה את מעבריה, וסייעה בשיקום הרצועה. הנוכחות הישראלית בעזה הסתיימה. על עזה, שלאחר הפינוי הישראלי, השתלט בכוח ארגון טרור רצחני ובלתי לגיטימי - חמאס - שמרד ברשות הפלשתינאית הלגיטימית. החמאס זרק מן הגגות, בצהרי היום , את מנהיגי פת"ח למוות אכזרי", הוסיף הנשיא.
"ישראל ניסתה, בדרכים מדיניות להביא להפסקת האש, כולל פניות רבות לאו"ם. ממשלת ישראל פינתה והחמאס ירה", מסכם פרס ומוסיף: "החמאס החל במתקפת טרור רצחנית כשהוא יורה אלפי פצצות ללא אבחנה על ראשי ילדים נשים ואזרחים חפים מפשע. חמאס, במקום לבנות את עזה ולדאוג לרווחת תושביה, בנה מנהרות תקיפה נגד ישראל והשתמש באכזריות בילדים ובאזרחים פלשתינאים,כדי להסתיר את הטרוריסטים ולהחביא את אמצעי הלחימה. מחבלי החמאס בנו קיני שיגור לטילים בבתי ספר, מסגדים וגני ילדים , מלכדו שכונות אזרחיות עירוניות והסתירו עצמם, ללא מדים, בריכוזי אוכלוסיה אזרחית. מדינת ישראל נאלצה להגן על עצמה, כפי שהיתה עושה כל מדינה אחרת בעולם".
"הביקורת שנמתחה על ישראל, לא סיפקה דרך אחרת להפסקת הירי. עובדה היא, שהביקורת שנמתחה על פעילותה של ישראל, נגד ירי החיזבאללה בלבנון, נגד ירי החמאס בעזה, נגד בניית גדר ההפרדה ביהודה ושומרון (כדי למנוע חדירת מחבלים מתאבדים לישראל), לא היא שהפסיקה את הירי בדרום, את הירי בצפון ואת הנחת מטעני הנפץ במרכז. פעולות צה"ל היו אלו שהביאו לפריחה כלכלית בגדה המערבית, שיחררו את לבנון מאימת החיזבאללה ואפשרו לתושבי עזה לחזור לחיי שגרה. מי שעושה שלום הוא הצודק ומי שעושה מלחמה הוא הפושע!", חותם הנשיא את תגובתו.