השפעות דו"ח גולדסטון עשויות להגיע גם לסוגית מדיניותה של ישראל כלפי ערביי ישראל. אמיר מח'ול, יו"ר וועד הציבורי להגנה על החירויות ומנכ"ל איחוד עמותות ערביות (אתיג'אה), מציין בהודעה רשמית שפרסם (20 באוקטובר 2009), כי "לראשונה בתולדות הדו"חות מטעם האו"ם הקדיש דו"ח גולדסטון ארבעה סעיפים לרדיפתה הפוליטית של האוכלוסייה הערבית בישראל, והתמקד הן במעצרים של מאות מפגינים ערבים בעת המתקפה הישראלית בעזה בתחילת השנה, וכן בחקירות שניהל השב"כ כנגד מנהיגים ופעילים ערבים".
מח'ול טוען, כי ועדת גולדסטון הסתמכה על ממצאים ונתונים אשר סיפקו לה הוועד הציבורי להגנה על החירויות הפועל במסגרת ועדת המעקב העליונה וכן של איחוד העמותות הערביות (אתיג'אה) וארגון עדאללה, הנהנים ממעמד ייחודי מייעץ מטעם האו"ם.
הוא מגדיר את גישתה של ועדת גולדסטון כלפי ערביי ישראל כאמירה חשובה ביותר בה מתייחסים במסמך בינלאומי לאוכלוסיה הערבית כחלק מהבעיה הפלסטינית ולא עניין ישראלי פנימי". לדבריו, ההנהגה הערבית מתכוונת לנצל את דו"ח גולדסטון על מנת להגיש תלונות בוועדות האו"ם נגד מדינת ישראל וכן לתבוע התערבות בינלאומית בנוגע למעמדה של האוכלוסייה הערבית ולספק הגנה כנדרש כלפי "אוכלוסיה בסכנה של רדיפה פוליטית".